Kontrole podatkowe w zakresie rozliczeń PIT na poziomie wspólników spółek przeszły w ostatnich latach przemianę jakościową. Z czynności rutynowo weryfikujących prawidłowość poboru podatku przekształciły się w wielowątkowe postępowania, w których organy stosują równolegle kilka mechanizmów: klauzulę GAAR, przepisy o zagranicznych jednostkach kontrolowanych (CFC), regulacje o rzeczywistym właścicielu, klauzulę PPT z konwencji MLI oraz — coraz częściej — postępowania karno-skarbowe.
Liczba postępowań prowadzonych w ramach klauzuli GAAR od jej wprowadzenia w 2016 r. osiągnęła 233 (stan na 2024 r.), z czego 47 wszczęto w samym 2024 r., a 171 decyzji wymiarowych zostało już wydanych — z czego 78 dotyczy PIT, 67 CIT. Od 24 listopada 2023 r. uprawnienie do stosowania GAAR zostało rozszerzone z wyłącznej kompetencji Szefa KAS na naczelników czterech urzędów celno-skarbowych, co istotnie zwiększyło przepustowość systemu kontroli.
Niniejsze opracowanie opisuje, w jakich obszarach kontrole są obecnie najbardziej intensywne, jakie struktury są przedmiotem szczególnej uwagi organów oraz jakie narzędzia obrony pozostają w dyspozycji podatników.
I. Kogo dotyczą kontrole — typologia podatników
Kontrole rozliczeń PIT na poziomie wspólników dotyczą zasadniczo trzech kategorii podmiotów.
Pierwsza kategoria — wspólnicy spółek transparentnych podatkowo (spółka cywilna, jawna, partnerska, w określonych konfiguracjach komandytowa). Dochód spółki opodatkowany jest PIT bezpośrednio na poziomie wspólników, proporcjonalnie do udziału. Kontrole skupiają się na prawidłowości ustalenia podstawy opodatkowania — w szczególności na transakcjach z podmiotami powiązanymi i na sztucznych konfiguracjach mających na celu zaniżenie dochodu.
Druga kategoria — wspólnicy spółek opodatkowanych CIT (spółka z o.o., akcyjna, prosta spółka akcyjna, komandytowa i komandytowo-akcyjna w obecnym reżimie). Kontrole dotyczą tu głównie wypłat zysku (dywidend, ukrytych zysków w rozumieniu estońskiego CIT, wynagrodzeń członków zarządu, kontraktów menedżerskich) — w szczególności poprawności kwalifikacji takich wypłat oraz potrącenia podatku u źródła w przypadku świadczeń transgranicznych.
Trzecia kategoria — wspólnicy struktur z udziałem podmiotów zagranicznych, w tym spółek maltańskich, cypryjskich, luksemburskich, holenderskich. Tu kontrole są najbardziej złożone i obejmują równolegle ocenę traktatową (UPO + MLI), wewnętrzną (CFC, GAAR), beneficial ownership oraz substancję ekonomiczną podmiotu zagranicznego.
II. Holdingi maltańskie — jeden z głównych obszarów zainteresowania KAS
Struktury z udziałem maltańskich spółek są obecnie jednym z czterech najczęściej kwestionowanych typów konfiguracji obok reorganizacji firm, transakcji z wartościami niematerialnymi i transakcji z podmiotami powiązanymi. Powód jest złożony: przez ponad dekadę konstrukcja oparta na art. 16 polsko-maltańskiej UPO, w połączeniu z metodą wyłączenia z progresją i maltańskim systemem refundacji 6/7, była rzeczywiście legalnym rozwiązaniem, wielokrotnie potwierdzanym w interpretacjach indywidualnych.
Sytuacja zmieniła się czterokrotnie w ciągu pięciu lat. Protokół zmieniający UPO Polska–Malta podpisany 30 listopada 2020 r. (obowiązujący od 1 stycznia 2022 r.) zastąpił metodę wyłączenia z progresją metodą kredytu podatkowego oraz zmienił zasady opodatkowania wynagrodzeń dyrektorskich. Klauzula PPT z konwencji MLI od 1 stycznia 2020 r. pozwala odmówić korzyści traktatowej, jeżeli organy wykażą, że jednym z głównych celów struktury było uzyskanie tej korzyści. Polski Ład 2022 rozszerzył reżim CFC. Wreszcie linia orzecznicza sądów administracyjnych — wyroki WSA w Białymstoku z 28 maja 2025 r. (sygn. I SA/Bk 98/25) oraz WSA w Łodzi (sygn. I SA/Łd 826/24) — zawęziła wykładnię art. 16 UPO do osób formalnie wpisanych do board of directors w maltańskim rejestrze spółek i wykonujących rzeczywiste czynności zarządcze nad samą spółką maltańską.
W marcu 2026 r. Polska i Malta podpisały kolejny protokół do UPO, dalej uszczelniający system, w tym w odniesieniu do wynagrodzeń dyrektorów, opodatkowania usług technicznych u źródła oraz opodatkowania zbycia spółek nieruchomościowych.
Pełną analizę zmian prawnych dotyczących wynagrodzeń dyrektorów maltańskich spółek przedstawiamy w artykule Dyrektor maltańskiej spółki — koniec ery zwolnienia z PIT.
Konkretne sprawy kontrolne – informacje na podstawie publikacji prasowych
Branża OZE — zaległość 1,5 mln zł (2024 r.). Dolnośląski Urząd Celno-Skarbowy we Wrocławiu przeprowadził kontrolę u przedsiębiorcy z branży odnawialnych źródeł energii, który zarejestrował spółkę na Malcie i objął w niej funkcję dyrektora. Spółka maltańska została większościowym udziałowcem polskiej spółki operacyjnej, a wynagrodzenie dyrektorskie traktowano jako zwolnione z PIT w Polsce. Organ zakwalifikował konstrukcję jako agresywną optymalizację podatkową; zaległość PIT z odsetkami wyniosła ponad 1,5 mln zł, podatnik złożył korektę deklaracji oraz daninę solidarnościową.
Holding międzynarodowy — zaległość WHT 73 mln zł (2025 r.). Lubelski Urząd Celno-Skarbowy zakwestionował zwolnienie z podatku u źródła przy wypłacie dywidendy 273 mln zł od polskiej spółki holdingowej do jedynego udziałowca z Luksemburga (struktura analogiczna do typowych konfiguracji maltańskich). Organ wykazał, że spółka zagraniczna była jedynie formalnym posiadaczem udziałów — środki transferowano dalej do podmiotów powiązanych, więc luksemburski udziałowiec nie spełniał kryterium beneficial owner. Spółka dopłaciła ponad 73 mln zł zaległego WHT z odsetkami.
Mała klauzula antyabuzywna przy dywidendzie — Pomorze. Naczelnik Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni, a następnie Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku, zakwestionowali prawo maltańskiej spółki holdingowej do zwolnienia dywidendowego, ustalając, że spółka — pomimo zarządu rezydującego na Malcie — nie była rzeczywistym właścicielem dywidendy w rozumieniu małej klauzuli antyabuzywnej z art. 22c CIT.
Wspólny mianownik tych spraw: organy nie kwestionują formy prawnej konstrukcji jako takiej, lecz badają substancję ekonomiczną — gdzie faktycznie podejmowane są decyzje, kto rzeczywiście kontroluje przepływy, czy zagraniczny podmiot prowadzi działalność operacyjną, czy jest wyłącznie wehikułem.
Pięć narzędzi, które stosują organy — i co to znaczy w praktyce
1. Klauzula GAAR (art. 119a Ordynacji podatkowej). Pozwala pominąć korzyści podatkowe czynności sztucznych, podjętych przede wszystkim w celu osiągnięcia korzyści podatkowej sprzecznej z przedmiotem i celem przepisu ustawy podatkowej. Test sztuczności obejmuje brak ekonomicznego uzasadnienia, nieadekwatność środków do celu, oraz to, czy podmiot racjonalnie działający z innych powodów niż optymalizacja zastosowałby tę samą konstrukcję. Skuteczną tarczą pozostaje pozytywna opinia zabezpieczająca wydana przez Szefa KAS — wiążąca organy podatkowe.
2. Przepisy CFC. Polski rezydent kontrolujący (samodzielnie lub z podmiotami powiązanymi) ponad 50% udziałów w zagranicznej jednostce o niskim efektywnym opodatkowaniu (poniżej 14,25% — czyli 75% polskiej stawki CIT) i wysokim udziale dochodów pasywnych jest zobowiązany do rozpoznania dochodu CFC i zapłacenia 19% PIT lub CIT — niezależnie od tego, czy doszło do dystrybucji. Za brak ujawnienia grozi grzywna do 720 stawek dziennych oraz odpowiedzialność karno-skarbowa.
3. Beneficial owner (rzeczywisty właściciel). Przy wypłacie dywidend, odsetek, należności licencyjnych przez polską spółkę do podmiotu zagranicznego organy badają, czy zagraniczny odbiorca jest rzeczywistym właścicielem świadczenia, czy też pełni funkcję spółki przepływowej (conduit company). Test obejmuje substancję ekonomiczną (biuro, personel, decyzje lokalne), prawo do swobodnego rozporządzania środkami, brak obowiązku przekazywania ich dalej.
4. Klauzula PPT (MLI art. 7). Pozwala odmówić korzyści traktatowej, jeżeli organ wykaże, że jednym z głównych celów struktury było uzyskanie tej korzyści. Test substancjalny — sam fakt formalnego spełnienia warunków UPO nie chroni.
5. Raportowanie schematów podatkowych (MDR). Polska implementacja unijnej dyrektywy DAC6, jedna z najszerszych w Europie — 24 cechy rozpoznawcze (przeciwko 15 w wersji DAC6), objęcie schematów krajowych i VAT, rozszerzony krąg podmiotów zobowiązanych. Struktury holdingowe z udziałem spółek zagranicznych mogą wypełniać cechy rozpoznawcze MDR — co rodzi obowiązki raportowe po stronie promotora, korzystającego i wspomagającego, niezależnie od ostatecznego rezultatu kontroli.
Konsekwencje — od zaległości do odpowiedzialności karno-skarbowej
Postępowania kontrolne nie kończą się zwykle na ustaleniu zaległości podatkowej. Sekwencja jest następująca: kontrola podatkowa lub celno-skarbowa → decyzja wymiarowa → skarga do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego → ewentualnie skarga kasacyjna do Naczelnego Sądu Administracyjnego → równolegle postępowanie karno-skarbowe.
Postępowanie karno-skarbowe wszczynane jest standardowo przy zaległościach o znacznej wartości, w szczególności na podstawie art. 56 k.k.s. (nieprawdziwe dane podatkowe) lub art. 54 k.k.s. (uchylanie się od opodatkowania). Górna granica grzywny wymierzonej wyrokiem sądu w 2024 r. przekracza 34 mln zł, w 2025 r. zbliża się do 52 mln zł. Kara pozbawienia wolności w przypadku przestępstw skarbowych sięga 5 lat (w wyjątkowych wypadkach 10 lat).
Funkcjonariusze Służby Celno-Skarbowej dysponują uprawnieniami zbliżonymi do organów ścigania — przeszukania, kontrola przesyłek, oględziny. To istotnie zmienia charakter kontroli celno-skarbowej w porównaniu z klasyczną kontrolą podatkową prowadzoną przez urząd skarbowy.
Kontrowersje wykładnicze — co kwestionujemy
W odniesieniu do wynagrodzeń dyrektorów spółek maltańskich linia interpretacyjna polskich organów opiera się na kryterium czysto formalnym — wpisaniu do maltańskiego rejestru handlowego jako warunek koniecznym zastosowania art. 16 UPO. Takie podejście nie uwzględnia podejścia funkcjonalnego przyjętego przez maltański Companies Act, zgodnie z którym dyrektorem jest każda osoba „occupying the position of director of a company by whatever name he may be called carrying out substantially the same functions in relation to the direction of the company”. Angielska wersja art. 16 UPO posługuje się pojęciem „in the capacity as a member of the board of directors” — gdzie „capacity” w prawniczej angielszczyźnie oznacza działanie w określonej roli funkcjonalnej, nie samo posiadanie formalnego statusu administracyjnego.
Kwestionujemy taką wykładnię na trzech poziomach: (i) art. 31 Konwencji Wiedeńskiej o prawie traktatów wymaga interpretacji w dobrej wierze, zgodnie z kontekstem oraz przedmiotem i celem traktatu; (ii) zasada substance over form — fundament współczesnego prawa podatkowego — wymaga oceny rzeczywistego charakteru funkcji; (iii) zasada in dubio pro tributario (art. 2a Ordynacji podatkowej) wymaga rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika.
Sądy administracyjne — w tym WSA w Warszawie w wyroku z 9 listopada 2019 r. (sygn. III SA/Wa 838/18) — wskazują jednocześnie, że organ nie może odmówić wydania interpretacji ani oprzeć się na klauzuli GAAR bez wykazania uzasadnionego przypuszczenia jej zastosowania. Samo powołanie się na istnienie klauzuli, bez merytorycznego uzasadnienia, jest niewystarczające.
Zakres reprezentacji
Reprezentujemy wspólników spółek krajowych i zagranicznych oraz same spółki na każdym etapie kontroli i postępowań — od kontroli podatkowej i celno-skarbowej, przez postępowanie podatkowe, skargę do WSA, skargę kasacyjną do NSA, aż po reprezentację w postępowaniach karno-skarbowych prowadzonych równolegle.
Zakres prac obejmuje:
— audyt struktury pod kątem ryzyka GAAR, CFC, beneficial owner, MDR oraz zgodności z aktualnym brzmieniem właściwej UPO i postanowieniami konwencji MLI; identyfikację słabych punktów przed kontrolą, gdy istnieje przestrzeń na ich naprawę;
— przygotowanie spółki i wspólników na kontrolę: weryfikacja dokumentacji korporacyjnej, ksiąg, transferu cen, polityki beneficial owner, zgromadzenie dowodów substancji ekonomicznej, skompletowanie korespondencji z kontrahentami;
— bezpośrednie zastępstwo procesowe w toku kontroli — udział w czynnościach, formułowanie zastrzeżeń do protokołu, składanie wniosków dowodowych, koordynacja stanowiska wspólników i spółki;
— złożenie wniosku o opinię zabezpieczającą Szefa KAS — najsilniejsze narzędzie ochrony przed GAAR w przypadku struktur, w których ekonomiczne uzasadnienie istnieje, lecz wymaga zwięzłej i precyzyjnej dokumentacji;
— prowadzenie postępowania odwoławczego od decyzji wymiarowej oraz reprezentację przed sądami administracyjnymi obu instancji, ze szczególnym uwzględnieniem zarzutów naruszenia art. 31 Konwencji Wiedeńskiej, zasady substance over form i art. 2a Ordynacji podatkowej w odniesieniu do struktur transgranicznych;
— równoległą obronę w postępowaniu karno-skarbowym, jeżeli organ zdecyduje się je wszcząć — z koordynacją linii argumentacyjnej między postępowaniem podatkowym a karnym.
Zespół obejmuje radców prawnych, doradców podatkowych, adwokatów oraz biuro księgowe, co pozwala prowadzić sprawę w pełnym przekroju — od warstwy księgowej, przez interpretacyjną, po sądową i karną.
