4,5 roku czekania na zwrot VAT przez spór z fiskusem

Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 10 Ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. 2004 nr 54, poz. 535, ze zm.) dostawa budynków, budowli lub ich części korzysta ze zwolnienia od tego podatku. Ustęp 10 artykułu 43 daje jednak przeprowadzającym transakcję przedsiębiorcom możliwość rezygnacji ze zwolnienia i opodatkowania transakcji VAT-em.

Muszą spełnić ku temu dwa warunki: a) być zarejestrowanymi czynnymi podatnikami VAT oraz b) złożyć przed dniem dokonania transakcji właściwemu dla nabywcy nieruchomości naczelnikowi urzędu skarbowego zgodne oświadczenie, że wybierają opodatkowanie VAT dokonywanej dostawy nieruchomości. Rezygnacja ze zwolnienia z VAT niesie za sobą taką korzyść, że przy kolejnym zbyciu tej nieruchomości przedsiębiorca będzie mógł odliczyć podatek zapłacony przy jej nabyciu.

Tak też w 2014 r. uczyniły strony, które zawarły transakcję sprzedaży/zakupu dwóch nieruchomości. Sprzedającym pierwszej: budynku handlowo-usługowego, posadowionego na dwóch działkach, była spółka komandytowa. Zapewniła ona, że nieruchomość nie stanowi przedsiębiorstwa ani zorganizowanej jego części.

Nabywca zadeklarował, że kupuje ją z zamiarem długoletniego wynajęcia. Strony dokonały w ramach rozliczeń zapłaty, potrąceń wzajemnych wierzytelności oraz przelewu pozostałych po tych potrąceniach środków na rzecz zbywcy. Na kupującego przeszły wszelkie ciężary i korzyści związane z nieruchomością, w tym m.in. czynsze z tytułu umów najmu, jakie pobierała spółka komandytowa od najemców położonych w przedmiotowym budynku lokali.

Drugą transakcją była sprzedaż przez spółkę z o.o. gruntu zabudowanego trzema graniczącymi ze sobą budynkami handlowymi. Tu zbywca otrzymał całą cenę sprzedaży, przekazując nabywcy wraz z aktem własności nieruchomości również wszelkie związane z nią korzyści i ciężary, w tym gwarancje bankowe stanowiące zabezpieczenie poszczególnych umów najmu. Tu również nieruchomość nie była przedsiębiorstwem ani jego zorganizowaną częścią, co organ podatkowy ustalił w ramach czynności sprawdzających.

Nabywcą obu tych nieruchomości była spółka z o.o., spółka komandytowa prowadząca działalność gospodarczą w zakresie wynajmu i zarządzania nieruchomościami. Ponieważ wszystkie strony tych transakcji spełniły ww. obowiązki deklaracyjne co do rezygnacji ze zwolnienia z VAT przy ich zawieraniu, spółka w deklaracji VAT-7 za listopad 2014 r. wykazała do zwrotu nadwyżkę podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym w kwocie blisko 3,5 mln zł.

Naczelnik urzędu skarbowego przeprowadził postępowanie podatkowe, w którym ustalił, że spółka niewłaściwie ujęła w rejestrze zakupu VAT faktury dokumentujące nabycie przedmiotowych nieruchomości jako nabycie środków trwałych. Według niego spółka nabyła co prawda składniki majątkowe, ale umożliwiające prowadzenie działalności gospodarczej w zakresie wynajmu lokali na takich zasadach jak robili to zbywcy tych składników. Spółka stała się przecież stroną zawartych przez nich umów najmu i przejęła wszelkie zabezpieczenia zapłaty czynszów w postaci gwarancji bankowych.

Zdaniem organu podatkowego spółka nabyła zatem zorganizowane części przedsiębiorstwa. Zaś zgodnie z art. 6 pkt 1 ustawy o VAT przepisów tej ustawy nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa.

Z kolei, jak stanowi chociażby przepis art. 88 ust. 3a pkt 2, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku, gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku. Zamiast więc 3,5-milionowego zwrotu organ określił spółce zobowiązanie za listopad 2014 r. w wysokości 80 tys. zł. Jego stanowisko podtrzymał organ odwoławczy.

Rozpoznający skargę spółki Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu stwierdził, że do rozstrzygnięcia sporu konieczne jest ustalenie, czy nabywane przez spółkę nieruchomości stanowiły na tyle zorganizowany zespół składników materialnych i niematerialnych, by zdolny był on do realizacji zadań gospodarczych nadanych przedsiębiorstwu. Powinien być wyodrębniony w przedsiębiorstwie zbywcy i przejęty przez nabywcę w kształcie umożliwiającym kontynuowanie jego działalności.

Zdaniem sądu sprzedaż niektórych, a nawet wszystkich nieruchomości wyodrębnionych z przedsiębiorstwa zajmującego się wynajmem nieruchomości, ale bez całej struktury organizacyjnej składającej się na tę działalność (np. pracowników, finansowania, obsługi tej działalności), nie może być uznana za sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa. W wyroku z 20 października 2017 r. WSA uchylił zaskarżoną decyzję organów podatkowych, orzekając:

„Ustalenie, że w ramach swojej działalności nabywca nieruchomości uprzednio wynajmowanych, także wykorzystuje te nieruchomości do działalności w zakresie wynajmu nieruchomości, nie jest wystarczająca do przyjęcia, że nieruchomości te w momencie ich sprzedaży stanowiły zorganizowaną część przedsiębiorstwa i że doszło do zbycia tej zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Sam fakt wykorzystywania nieruchomości w działalności gospodarczej – bez wykazania ich organizacyjnego i finansowego wyodrębnienia w ramach prowadzonego przedsiębiorstwa – nie daje podstaw do przyjęcia, że nieruchomości te samodzielnie tworzyły zorganizowaną część przedsiębiorstwa…” (sygn. akt I SA/Wr 676/17).

Pomimo rozstrzygnięcia sądu i wskazania w wyroku, co powinien zrobić organ, ten nie zamierzał się do niego stosować, wnosząc skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Dopiero 21 maja 2019 r., czyli po 4,5 roku od złożenia deklaracji, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wycofał skargę kasacyjną, na mocy czego NSA postanowieniem z 31 maja 2019 r. umorzył postępowanie w tej sprawie (sygn. akt I FSK 334/18).

W trakcie panującej obecnie epidemii koronawirusa w ramach tarczy antykryzysowej ratującej krajową gospodarkę przedstawiciele rządu obiecali przedsiębiorcom szybsze zwroty VAT – nawet w terminach do 15 dni. Wszystko po to, aby firmy miały z czego żyć i pokrywać swoje zobowiązania.

Przedsiębiorcy, występując o nie, powinni pamiętać o tych obietnicach i kontrolować organy, czy w tak kryzysowych czasach przestrzegają prawa, zgodnie z którym przecież to zwrot należnego firmie podatku jest regułą, a nie jego wstrzymywanie.

Kancelaria Prawna Skarbiec