Czas trwania kontroli u przedsiębiorcy

Limity, sposób liczenia dni roboczych i konsekwencje przekroczenia terminów kontroli (2026)

Kontrola podatkowa i kontrola działalności gospodarczej to jedne z najbardziej uciążliwych form ingerencji organów państwa w funkcjonowanie firmy. Ustawodawca, świadomy tego obciążenia, wprowadził w Prawie przedsiębiorców sztywne limity czasowe kontroli – różne w zależności od wielkości przedsiębiorcy. Tyle teoria.

W praktyce organy kontroli od lat interpretowały te limity w sposób dla siebie korzystny, licząc wyłącznie dni fizycznej obecności inspektorów w siedzibie firmy. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 15 października 2025 r. (III OSK 1677/22) opowiedział się jednak po stronie przedsiębiorców.

Poniżej omawiamy aktualny stan prawny i orzeczniczy – z perspektywy obrony praw przedsiębiorcy.

Ile dni może trwać kontrola u przedsiębiorcy? Ustawowe limity z art. 55 Prawa przedsiębiorców

Zgodnie z art. 55 ust. 1 ustawy z dnia 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 1480), czas trwania wszystkich kontroli jednego organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać:

• 12 dni roboczych – w przypadku mikroprzedsiębiorców,
• 18 dni roboczych – w przypadku małych przedsiębiorców,
• 24 dni roboczych – w przypadku średnich przedsiębiorców,
• 48 dni roboczych – w przypadku pozostałych (dużych) przedsiębiorców.

Są to limity roczne i łączne – dotyczą sumy wszystkich kontroli prowadzonych przez ten sam organ w danym roku kalendarzowym. Oznacza to, że jeżeli organ przeprowadza u tego samego przedsiębiorcy kilka kontroli w ciągu roku, ich łączny czas nie może przekroczyć wskazanych limitów.

Status przedsiębiorcy a limit kontroli – jak się klasyfikować?

Pojęcia mikroprzedsiębiorcy, małego i średniego przedsiębiorcy zostały zdefiniowane w art. 7 Prawa przedsiębiorców. Klasyfikacja opiera się na dwóch kryteriach: średniorocznym zatrudnieniu oraz rocznym obrocie netto lub sumie aktywów bilansu. Jak potwierdził NSA w wyroku z 9 grudnia 2020 r. (I GSK 962/20), definicje te mają zastosowanie również do celów ustalania limitów kontroli, nawet w kontekście kontroli prowadzonych przez ZUS na podstawie art. 92a ustawy o systemie ubezpieczeń społecznych.

Utrwalenie nowej wykładni liczenia czasu kontroli – wyrok NSA z 15 października 2025 r. (III OSK 1677/22)

Dotychczasowa linia orzecznicza – dni „faktycznej obecności”

Przez wiele lat dominowała wykładnia korzystna dla organów kontroli. Zgodnie z nią, do limitu z art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców wliczano wyłącznie te dni robocze, w których inspektorzy fizycznie przebywali w siedzibie przedsiębiorcy lub w miejscu prowadzenia działalności. Czynności wykonywane w siedzibie organu – analiza dokumentów, sporządzanie protokołu – nie były doliczane do limitu. Takie stanowisko prezentowały m.in. wyroki WSA w Krakowie z 10 czerwca 2024 r. (I SA/Kr 350/24 oraz I SA/Kr 351/24), a także wcześniejsze orzeczenia NSA (np. wyrok z 7 czerwca 2017 r., II FSK 1418/15: „…w realiach niniejszej sprawy nie ma podstaw, by do czasokresu trwania kontroli wliczać czas, gdy kontrolerzy faktycznie nie przebywali w miejscu kontroli wskazanym przez przedsiębiorcę…„).

Argumentacja ta opierała się na założeniu, że celem regulacji jest ochrona przedsiębiorcy przed dezorganizacją jego działalności, a czynności organu prowadzone poza siedzibą firmy takiej dezorganizacji nie powodują.

Nowa wykładnia NSA – dni liczone „od wszczęcia do zakończenia”

Wyrok NSA z 15 października 2025 r. (III OSK 1677/22) potwierdził i utrwalił kierunek interpretacyjny zapoczątkowany wyrokiem NSA z 19 lutego 2020 r. (I FSK 2243/19), wydanym jeszcze na gruncie uchylonej ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Już w tamtym orzeczeniu NSA stwierdził, że limit czasu kontroli obejmuje kolejno następujące po sobie dni robocze od jej rozpoczęcia do zakończenia. Wyrok z 2025 r. przeniósł tę wykładnię na grunt obowiązującego Prawa przedsiębiorców, nadając jej walor powszechności.

Naczelny Sąd Administracyjny orzekł, że:

„Czas trwania kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym w rozumieniu art. 55 ust. 1 ustawy Prawo przedsiębiorców nie może przekroczyć ilości wymienionych w tym przepisie kolejno następujących po sobie dni roboczych liczonych od daty wszczęcia kontroli do jej zakończenia.”

NSA przeprowadził kompleksową analizę, sięgając po trzy rodzaje wykładni:

1. Wykładnia językowa – zdaniem NSA, wykładnia językowa mogłaby nawet wskazywać na zasadność dotychczasowego stanowiska organów, a nie skarżącej spółki. Tym bardziej doniosłe okazały się wyniki wykładni systemowej i celowościowej, które przełamały kierunek wskazywany przez literę przepisu.
2. Wykładnia systemowa – tu NSA odwołał się do treści art. 56 ust. 1 i 2 Prawa przedsiębiorców, który reguluje instytucję przerwy w kontroli na czas badania próbek. Skoro ustawodawca przewidział odrębny mechanizm przerwy (z wyraźnym postanowieniem, że jej czasu nie wlicza się do limitu), to znaczy, że bez takiej przerwy wszystkie dni robocze od wszczęcia do zakończenia kontroli wliczają się do limitu. Gdyby przyjąć wykładnię organów (tylko dni fizycznej obecności), przepis o przerwie byłby całkowicie zbędny – badania próbek prowadzone poza siedzibą firmy i tak nie byłyby wliczane do czasu kontroli.

NSA podkreślił również, że ustawodawca nie rozróżnia kontroli „w ścisłym rozumieniu” i „pozostałej”. Takie sztuczne rozróżnienie narusza zasadę lege non distinguente nec nostrum est distinguere – czego prawo nie rozróżnia, nie należy rozróżniać.

3. Wykładnia celowościowa – NSA odwołał się do preambuły Prawa przedsiębiorców, która eksponuje konstytucyjną zasadę wolności działalności gospodarczej, praworządności i pewności prawa. Celem art. 55 jest ochrona przedsiębiorcy przed „niekończącymi się, permanentnymi kontrolami zakłócającymi prowadzoną działalność”. Zakłócenia te nie ograniczają się wyłącznie do fizycznej obecności inspektorów – sam fakt trwającej kontroli wymusza na przedsiębiorcy pozostawanie w gotowości, ogranicza dostęp do dokumentacji i generuje niepewność co do wyniku.

Praktyczne konsekwencje nowej wykładni

Wyrok III OSK 1677/22 oznacza, że organy kontroli nie mogą już „rozciągać” kontroli na wiele miesięcy, prowadząc czynności w siedzibie przedsiębiorcy jedynie sporadycznie (np. raz na kilka tygodni), a resztę czasu przeznaczając na analizę dokumentów „u siebie”. Każdy dzień roboczy między wszczęciem a zakończeniem kontroli konsumuje limit – chyba że organ formalnie przerwie kontrolę w trybie art. 56 Prawa przedsiębiorców.

Kontrola celno-skarbowa a limity czasowe – praktyka i pułapki

Czy limity z art. 55 stosują się do kontroli celno-skarbowej?

Co do zasady – tak. Art. 94 ust. 1 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej odsyła do odpowiedniego stosowania przepisów rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców (a więc art. 45-65, w tym art. 55) do kontroli celno-skarbowej. Potwierdza to NSA w wyroku z 9 grudnia 2020 r. (I GSK 962/20), wprost wskazując, że pojęcia mikroprzedsiębiorcy, małego i średniego przedsiębiorcy z art. 7 Prawa przedsiębiorców mają zastosowanie do ustalania limitów kontroli prowadzonej wobec przedsiębiorcy.

W praktyce jednak organy celno-skarbowe rutynowo powołują się na wyłączenia z art. 55 ust. 2, w szczególności na przesłankę kontroli niezbędnej do przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub zabezpieczenia dowodów (pkt 2), a także na przesłankę kontroli dotyczącej zasadności zwrotu VAT przed jego dokonaniem (pkt 6). W sprawach karuzelowych czy dotyczących pustych faktur podejrzenie przestępstwa skarbowego formułowane jest niemal automatycznie – i limit z art. 55 przestaje obowiązywać.

Dlaczego czynności u przedsiębiorców i tak trwają latami?

Kontrole celno-skarbowe i powiązane z nimi postępowania ciągną się latami z kilku nakładających się przyczyn, których zrozumienie jest kluczowe dla skutecznej obrony przedsiębiorcy.

Po pierwsze, dotychczasowa wykładnia „dni faktycznej obecności” – stosowana przez organy podatkowe i negatywnie oceniona przez NSA w wyroku z 15 października 2025 r. – pozwalała organom liczyć wyłącznie dni, w których inspektorzy fizycznie przebywali w firmie. Kontrola mogła formalnie trwać kilkanaście miesięcy, a organ twierdził, że „wykorzystał” zaledwie kilkadziesiąt dni roboczych limitu. Reszta – analiza dokumentów w urzędzie, oczekiwanie na odpowiedzi kontrahentów, wymiana korespondencji z innymi organami – nie była doliczana.

Po drugie, mechanizm przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe na podstawie art. 83 ustawy o KAS otwiera nowy reżim czasowy. Postępowanie podatkowe rządzi się art. 139 Ordynacji podatkowej (termin miesiąca lub dwóch miesięcy), ale te terminy mają charakter instrukcyjny – ich przekroczenie nie powoduje nieważności czynności organu ani nie wstrzymuje postępowania.

Po trzecie, instrument nieograniczonego przedłużania terminu na podstawie art. 140 Ordynacji podatkowej jest nadużywany. Sprawa rozstrzygnięta wyrokiem WSA w Poznaniu z 13 stycznia 2026 r. (I SAB/Po 11/25) stanowi podręcznikowy przykład: organ wydał 11 kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu w ciągu 2,5 roku, każdorazowo wyznaczając nowy termin na 2-3 miesiące do przodu. Brak UPD (urzędowego poświadczenia doręczenia) dla części z nich sprawił, że formalnie nawet ten mechanizm nie został prawidłowo zastosowany.

Po czwarte, wieloinstancyjność postępowania oraz towarzyszące mu środki zaskarżenia generują kolejne lata oczekiwania. Sprawa gliwicka (I SA/Gl 338/25) to ilustracja: kontrola podatkowa wszczęta w 2021 r., protokół doręczony w sierpniu 2022 r., postępowanie podatkowe od stycznia 2023 r., decyzja podatkowa I instancji w czerwcu 2024 r., decyzja DIAS w grudniu 2024 r. – łącznie ponad 3 lata, a sprawa wraca do ponownego rozpatrzenia z powodu nieprzeprowadzenia wnioskowanych dowodów.

Po piąte, śledztwa karnoskarbowe „towarzyszące” kontrolom – jak w sprawie gliwickiej, równolegle toczy się śledztwo prokuratury o charakterze „rozwojowym” (rozszerzane podmiotowo i przedmiotowo). Nie tylko zawieszają one bieg przedawnienia zobowiązań podatkowych, ale w praktyce „zamrażają” sprawę: organ podatkowy czeka na ustalenia prokuratury, prokurator zbiera materiały z postępowań podatkowych, i koło się zamyka. Przedsiębiorca przez lata funkcjonuje w stanie niepewności prawnej, ponosząc jednocześnie koszty obsługi prawnej i odsetkowe.

Kiedy limity czasu kontroli nie obowiązują? Katalog wyłączeń

Art. 55 ust. 2 Prawa przedsiębiorców zawiera zamknięty katalog sytuacji, w których ograniczenia czasowe nie mają zastosowania. Wśród najważniejszych wyłączeń należy wskazać:

• kontrola niezbędna do przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub przestępstwa skarbowego,
• kontrola uzasadniona bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska,
• kontrola dotycząca zasadności zwrotu VAT przed jego dokonaniem,
• kontrola prowadzona w toku postępowania z zakresu ochrony konkurencji i konsumentów,
• kontrola wynikająca z bezpośrednio stosowanych przepisów prawa UE,
• kontrola podmiotów z decyzją o uznaniu prawidłowości cen transferowych (w zakresie tej decyzji),
• kontrola rachunków raportowanych na podstawie ustawy FATCA.

Dodatkowo art. 61 Prawa przedsiębiorców wyłącza stosowanie limitów m.in. do działalności objętej nadzorem finansowym, nadzorem sanitarnym w zakresie bezpieczeństwa żywności oraz kontroli świadczeniodawców opieki zdrowotnej.

Powołanie się na przesłankę wyłączenia nie jest pozostawione swobodnemu uznaniu organu. Przesłanka musi realnie zaistnieć, a organ musi ją odpowiednio udokumentować. Jak wskazał NSA w wyroku z 4 lipca 2023 r. (II OSK 2495/20), wszczęcie kontroli sensu stricto – a zatem rozpoczęcie biegu limitu z art. 55 – jest determinowane treścią art. 48 ust. 2 Prawa przedsiębiorców i następuje niezależnie od wcześniejszych sformalizowanych czynności organu.

W praktyce przedsiębiorca powinien w każdym przypadku weryfikować, czy organ rzeczywiście dysponuje podstawą do powołania się na wyłączenie. Samo ogólnikowe wskazanie „podejrzenia przestępstwa skarbowego” bez konkretnych okoliczności faktycznych uzasadniających to podejrzenie powinno być kwestionowane w drodze sprzeciwu.

Przedłużenie kontroli – kiedy i na jak długo?

Przedłużenie z przyczyn niezależnych od organu (art. 55 ust. 3)

Organ może przedłużyć czas kontroli z przyczyn od siebie niezależnych, pod warunkiem że przedłużenie zostanie uzasadnione na piśmie i doręczone przedsiębiorcy, a samo przedłużenie nie naruszy limitów z art. 55 ust. 1. Oznacza to, że przedłużenie na tej podstawie pozwala jedynie na „rozłożenie” kontroli w czasie, nie zaś na przekroczenie limitu rocznego.

Przedłużenie w razie ujawnienia nieprawidłowości (art. 55 ust. 4)

Jeżeli w toku kontroli zostanie ujawnione zaniżenie zobowiązania podatkowego przekraczające 10% kwoty zadeklarowanej (nie mniej niż 500 zł), zawyżenie straty przekraczające 50% kwoty zadeklarowanej (nie mniej niż 2 500 zł) lub niezłożenie deklaracji pomimo obowiązku, organ może przedłużyć kontrolę, ale jej łączny czas nie może przekroczyć dwukrotności standardowego limitu (art. 55 ust. 6). Maksymalny czas kontroli z przedłużeniem wynosi zatem: 24 dni dla mikroprzedsiębiorców, 36 dni dla małych, 48 dni dla średnich i 96 dni dla pozostałych przedsiębiorców. O ujawnionych okolicznościach organ musi zawiadomić przedsiębiorcę, wskazując zgromadzony materiał dowodowy (art. 55 ust. 5).

Kontrola powtórna po rażącym naruszeniu prawa (art. 55 ust. 7)

Jeżeli wyniki kontroli wykazały rażące naruszenie przepisów prawa przez przedsiębiorcę, możliwe jest przeprowadzenie powtórnej kontroli w tym samym zakresie w danym roku kalendarzowym. Czas trwania takiej kontroli nie może przekraczać 7 dni i nie wlicza się do rocznego limitu.

Konsekwencje przekroczenia limitu czasu kontroli

Czy kontrola po przekroczeniu limitu jest nieważna?

W świetle dotychczasowego orzecznictwa – nie. W orzecznictwie sądów administracyjnych utrwalony jest pogląd, zgodnie z którym przekroczenie limitów czasowych z art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców nie powoduje niemożności prowadzenia kontroli oraz nie dyskwalifikuje czynności dokonanych w toku postępowania (por. wyrok WSA w Lublinie z 18 kwietnia 2013 r., III SA/Lu 112/13; wyrok WSA w Warszawie z 2 czerwca 2017 r., V SA/Wa 1796/16).

Stanowisko to, jakkolwiek kontrowersyjne, ma swoje uzasadnienie systemowe – ustawodawca nie powiązał wprost przekroczenia limitu z sankcją nieważności czynności kontrolnych.

Sprzeciw przedsiębiorcy – realna broń obronna

Skuteczniejszym instrumentem ochrony jest sprzeciw uregulowany w art. 59 Prawa przedsiębiorców. Przedsiębiorca może wnieść sprzeciw wobec podjęcia i wykonywania czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów, w tym naruszenia limitów z art. 55. Wniesienie sprzeciwu wstrzymuje czynności kontrolne, a organ musi rozstrzygnąć o kontynuowaniu lub odstąpieniu od kontroli w formie postanowienia.

Jak pokazała sprawa rozstrzygnięta wyrokiem NSA z 15 października 2025 r. (III OSK 1677/22), sprzeciw przedsiębiorcy, oparty na prawidłowej wykładni art. 55, może skutecznie doprowadzić do uchylenia postanowienia organu o kontynuowaniu kontroli.

Zakaz dowodowy z art. 46 ust. 3 Prawa przedsiębiorców

Niezależnie od powyższego, art. 46 ust. 3 Prawa przedsiębiorców wprowadza istotną sankcję dowodową: dowody przeprowadzone w toku kontroli z naruszeniem przepisów ustawy, jeżeli miały istotny wpływ na wyniki kontroli, nie mogą stanowić dowodu w postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karnym skarbowym. Ten instrument nabiera szczególnego znaczenia w kontekście nowej wykładni NSA dotyczącej liczenia czasu kontroli.

Bezczynność i przewlekłość postępowania podatkowego – pokrewny problem

Kwestia limitów czasu kontroli pozostaje w ścisłym związku z problemem bezczynności i przewlekłości postępowania podatkowego. Wyrok WSA w Poznaniu z 13 stycznia 2026 r. (I SAB/Po 11/25) dostarcza znakomitej ilustracji tego zjawiska.

Doręczenie postanowienia o przedłużeniu terminu – warunek skuteczności

W sprawie tej WSA stwierdził bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego, który prowadził postępowanie podatkowe przez ponad 2,5 roku (od marca 2023 r. do października 2025 r.), wielokrotnie przedłużając termin załatwienia sprawy na podstawie art. 140 Ordynacji podatkowej. Sąd podkreślił, że warunkiem skutecznego przedłużenia terminu jest nie tylko wydanie, ale i doręczenie postanowienia przedłużającego przed upływem poprzedniego terminu.

Sąd powołał się na fundamentalną uchwałę NSA z 7 marca 2022 r. (I FPS 4/21), zgodnie z którą ocena skuteczności doręczenia ma charakter „zero-jedynkowy” – albo doszło do skutecznego doręczenia, albo nie. Brak UPD (urzędowego poświadczenia doręczenia) dla części postanowień skutkował uznaniem, że organ nie wywiązał się z obowiązków z art. 140 Ordynacji podatkowej i popadł w bezczynność.

Argumentacja Naczelnika, że „znaczenie dla właściwego wyznaczenia nowego terminu załatwienia sprawy ma terminowe wydanie takiego postanowienia, a nie jego doręczenie”, została uznana za bezzasadną. Sąd wskazał, że w modelu opartym o zasadę oficjalności doręczeń odpowiedzialność za skuteczność i prawidłowość doręczenia ponosi organ podatkowy, a decyzja niedoręczona stronie jest decyzją nieistniejącą z prawnego punktu widzenia.

Terminy instrukcyjne – pozorna ochrona

Sprawa poznańska odsłania fundamentalny problem systemowy: terminów instrukcyjnych z art. 139 Ordynacji podatkowej (miesiąc lub dwa miesiące na załatwienie sprawy). Mimo że organ wydał 11 kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu na przestrzeni 2,5 roku, a brak UPD dotyczył trzech z nich – sąd wprawdzie stwierdził bezczynność, lecz bez rażącego naruszenia prawa i bez zasądzenia sumy pieniężnej na rzecz skarżącego. Uzasadniając tę ocenę, sąd wskazał na podejmowanie przez organ „działań ukierunkowanych na ustalenie stanu faktycznego sprawy”.

Dla przedsiębiorcy oznacza to, że nawet skuteczne wykazanie bezczynności organu nie gwarantuje realnej rekompensaty. Tym bardziej istotne staje się prewencyjne korzystanie z instrumentów ochrony – przede wszystkim sprzeciwu i ponaglenia – zanim postępowanie osiągnie wieloletnią skalę.

Odsetki za zwłokę a czas trwania kontroli celno-skarbowej

Doniosłe znaczenie ma wyrok NSA z 25 listopada 2025 r. (III FSK 804/24), dotyczący stosowania art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej do kontroli celno-skarbowej. NSA uchylił wyrok WSA oddalający skargę podatnika i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania, wskazując kierunek interpretacji przemawiający za stosowaniem art. 54 § 1 pkt 7 także do kontroli celno-skarbowej — mimo że art. 94 ust. 1 ustawy o KAS nie odsyła wprost do art. 54 Ordynacji podatkowej. NSA nie przesądził tej kwestii definitywnie, lecz zobowiązał WSA do ponownej analizy z uwzględnieniem przedstawionej argumentacji.

NSA odwołał się do wyroku TK z 18 października 2011 r. (SK 2/10), w którym Trybunał uznał za niekonstytucyjne różnicowanie sytuacji podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje. Trybunał stwierdził, że przyjęta regulacja „stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe” i że „różnicowanie to jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy”.

NSA w sprawie III FSK 804/24 przyjął tę argumentację za własną, wskazując dodatkowo na względy celowościowe: brak naliczania odsetek za zwłokę po upływie 3 miesięcy od zainicjowania kontroli celno-skarbowej stanowi dodatkowy czynnik motywujący organ do sprawnego załatwienia sprawy, realizując tym samym zasadę szybkości postępowania z art. 125 § 1 Ordynacji podatkowej.

NSA podzielił argumentację skarżącej, zgodnie z którą ścisła literalna wykładnia art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej godziłaby w wartości konstytucyjne i prowadziła do nieuprawnionej korzyści Skarbu Państwa w postaci zwiększonych odsetek za zwłokę, kosztem majątku podatnika.

Orzeczenie to oznacza w praktyce, że przedsiębiorcy, wobec których organy celno-skarbowe prowadzą wielomiesięczne lub wieloletnie kontrole, zyskują istotny argument za nienaliczaniem odsetek za zwłokę za okres kontroli przekraczający trzy miesiące — analogicznie jak w przypadku postępowania podatkowego. Choć NSA nie sformułował w tej sprawie wiążącej reguły, kierunek wskazany w wyroku stanowi poważne oparcie dla podatników kwestionujących naliczanie odsetek za okres przewlekłej kontroli celno-skarbowej.

Rekomendacje praktyczne dla przedsiębiorców

W świetle omówionego orzecznictwa z lat 2025-2026 przedsiębiorca powinien:

1. Monitorować czas trwania kontroli – prowadzić wewnętrzną ewidencję dat wszczęcia i zakończenia każdej kontroli, z uwzględnieniem nowej wykładni NSA (kolejne dni robocze od wszczęcia do zakończenia). Dotyczy to zarówno kontroli podatkowej, jak i kontroli celno-skarbowej – z zastrzeżeniem weryfikacji, czy organ zasadnie powołuje się na wyłączenie z art. 55 ust. 2.
2. Wnosić sprzeciw w terminie – jeżeli suma kontroli danego organu w roku kalendarzowym zbliża się do limitu lub go przekracza, niezwłocznie korzystać z instytucji sprzeciwu z art. 59 Prawa przedsiębiorców. W przypadku kontroli celno-skarbowej – kwestionować podstawę powołania się na wyłączenie, jeżeli organ nie wykazał konkretnych okoliczności je uzasadniających.
3. Weryfikować skuteczność doręczeń – każde postanowienie o przedłużeniu terminu załatwienia sprawy powinno być doręczone przed upływem poprzedniego terminu. Brak UPD oznacza, że postanowienie nie weszło do obrotu prawnego. Warto żądać okazania UPD przy zapoznawaniu się z aktami sprawy.
4. Aktywnie korzystać z inicjatywy dowodowej – składać wnioski o przesłuchanie świadków, włączenie dokumentów, przeprowadzenie oględzin. Odmowa ich uwzględnienia bez wykazania, że okoliczności te zostały już stwierdzone na korzyść strony, stanowi naruszenie art. 188 Ordynacji podatkowej. Szczególnie istotne jest dokumentowanie faktycznego przebiegu transakcji – fotografiami magazynów, dokumentami WZ, potwierdzeniami dostaw.
5. Kwestionować naliczanie odsetek za okres przewlekłej kontroli — w przypadku kontroli celno-skarbowej trwającej ponad 3 miesiące, powoływać się na art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej w zw. z wyrokiem TK (SK 2/10) i kierunkiem interpretacyjnym wskazanym przez NSA w wyroku z 25 listopada 2025 r. (III FSK 804/24). Jak podkreślił NSA w tej sprawie, wadliwe określenie okresu, za jaki należne są odsetki, oznacza objęcie tytułem wykonawczym obowiązku nieistniejącego w części — co stanowi podstawę zarzutu w postępowaniu egzekucyjnym.
6. Dokumentować wpływ kontroli na działalność – gromadzić dowody na dezorganizację wynikającą z trwającej kontroli (ograniczony dostęp do dokumentacji, konieczność angażowania pracowników, utrudnienia w bieżącej działalności) – mogą one być istotne w postępowaniu sądowym.
7. Nie akceptować biernie „zamrażania” spraw przez śledztwa karnoskarbowe – w przypadku zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązań podatkowych na skutek wszczęcia postępowania karnoskarbowego, weryfikować, czy wszczęcie to nie miało charakteru instrumentalnego. Sądy administracyjne mają obowiązek badania tej kwestii z urzędu (uchwała NSA z 24 maja 2021 r., I FPS 1/21).

Czas trwania kontroli u przedsiębiorcy – podsumowanie

Rok 2025 przyniósł istotne zmiany w orzecznictwie dotyczącym czasu trwania kontroli u przedsiębiorców. Wyrok NSA z 15 października 2025 r. (III OSK 1677/22) przesunął punkt ciężkości na korzyść przedsiębiorców, nakazując liczenie czasu kontroli jako kolejnych dni roboczych od wszczęcia do zakończenia – bez sztucznego wyodrębniania dni „faktycznej obecności” inspektorów. Jednocześnie orzecznictwo w sprawach odsetkowych (III FSK 804/24) i dotyczących bezczynności organów (I SAB/Po 11/25) buduje spójny obraz systemu, w którym przewlekłość działań administracji nie może obciążać podatnika.

Szczególne znaczenie praktyczne ma powiązanie tych orzeczeń z problematyką kontroli celno-skarbowej – najpowszechniejszego narzędzia weryfikacji rozliczeń podatkowych w sprawach o znacznej wartości przedmiotu sporu. Mechanizmy „wydłużania” kontroli – od rutynowego powoływania się na wyłączenia z art. 55 ust. 2, przez przekształcanie kontroli w postępowanie podatkowe z instrukcyjnymi terminami, po towarzyszące śledztwa karnoskarbowe zawieszające bieg przedawnienia – tworzą system, w którym postępowanie wobec jednego podatnika może trwać latami. Orzecznictwo 2025-2026 dostarcza przedsiębiorcom narzędzi do przeciwstawienia się tym praktykom, ale wymaga to aktywnej postawy procesowej od samego początku kontroli.

Przedsiębiorcy powinni te orzeczenia traktować nie tylko jako abstrakcyjne rozstrzygnięcia prawne, ale jako praktyczne narzędzia obrony swoich praw – zarówno na etapie toczących się kontroli, jak i w ewentualnych postępowaniach sądowoadministracyjnych.

Robert Nogacki

Założyciel i Partner Zarządzający Kancelarii Prawnej Skarbiec, uznanej przez Dziennik Gazetę Prawną za jedną z najlepszych firm doradztwa podatkowego w Polsce (2023, 2024). Radca prawny z 19-letnim doświadczeniem, obsługujący przedsiębiorców z list Forbes oraz innowacyjne start-upy. Jeden z najczęściej cytowanych ekspertów prawa gospodarczego i podatkowego w polskich mediach, regularnie publikujący w Rzeczpospolitej, Gazecie Wyborczej i Dzienniku Gazecie Prawnej. Autor publikacji „AI Decoding Satoshi Nakamoto. Artificial Intelligence on the Trail of Bitcoin’s Creator” oraz współautor nagrodzonej książki „Bezpieczeństwo współczesnej firmy”. Profil LinkedIn: 18.5 tys. obserwujących, 4 mln odsłon rocznie. Nagrody: 4-krotny laureat Medalu Europejskiego, Złota Statuetka Lidera Polskiego Biznesu, tytuł „International Tax Planning Law Firm of the Year in Poland”. Specjalizuje się w strategicznym doradztwie prawnym, planowaniu podatkowym i zarządzaniu kryzysowym dla biznesu.