
Kontrole skarbowe a zwrot podatku VAT
(AKTUALIZACJA 03.06.2025 r.) Podatnik, u którego różnica między wartością podatku VAT należnego i naliczonego jest ujemna, może otrzymać zwrot środków na konto. Występując o zwrot podatku VAT trzeba mieć świadomość, że takie wnioski bardzo często uruchamiają kontrole skarbowe, których celem jest sprawdzenie zasadności żądania zwrotu.
Terminy zwrotu VAT
Występując o zwrot VAT, powinien jednak uzbroić się w cierpliwość – długie okresy przewidziane przez ustawę i kontrola podatkowa, która niechybnie zostanie wszczęta, mogą sprawić, że na pieniądze trzeba będzie poczekać nawet kilka miesięcy dłużej niż przewiduje to ustawa, a w skrajnych przypadkach nawet kilka lat.
Po złożeniu deklaracji VAT za dany okres rozliczeniowy, w której przedsiębiorca wykaże nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, urząd skarbowy powinien mu ją zwrócić w 60-dniowym terminie, a przy spełnieniu określonych przesłanek – nawet krótszym (40, 25 lub 15-dniowym). Organy mogą jednak wielokrotnie postanawiać o przedłużeniu termin zwrotu VAT z uwagi na konieczność dokładniejszej weryfikacji zasadności zwrotu.
Neutralność VAT dla firm
Jedną z podstawowych zasad podatku VAT jest jego neutralność dla przedsiębiorców. Jest ona realizowana przez obniżenie kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług. Jeśli jednak kwota podatku naliczonego w danym okresie jest wyższa, pojawia się możliwość dochodzenia zwrotu nadwyżki VAT na konto. Wniosek o zwrot VAT co do zasady składa się razem z deklaracją za dany okres rozliczeniowy – taka jest też powszechna praktyka. Możliwe jest także przeniesienie kwoty zwrotu na kolejne okresy rozliczeniowe.
Handel zagraniczny i inne przypadki odwrotnego obciążenia
O zwrot podatku występują m.in. przedsiębiorcy, którzy dokonują w Polsce zakupów, jednak swoje towary i usługi sprzedają głównie lub tylko na rzecz zagranicznych kontrahentów. Zagadnienie dotyczy także innych podatników, których sprzedaż jest rozliczana przy zastosowaniu mechanizmu odwrotnego obciążenia – w takim przypadku sprzedawca nie wykazuje podatku należnego, gdyż rozlicza się z kontrahentem w wartościach netto, a obowiązek rozliczenia podatku VAT zostaje przeniesiony na nabywcę. Po stronie sprzedawcy pozostaje jednak prawo zwrotu zapłaconego podatku.
Procedura zwrotu VAT
Procedurę zwrotu VAT reguluje art. 87 ustawy o VAT. Zgodnie z nim środki powinny zostać wypłacone w ciągu 60 dni od złożenia deklaracji. To termin podstawowy, z którego korzysta największa liczba podatników. Jest to przy tym jeden z najdłuższych terminów przewidzianych dla tej procedury w Unii Europejskiej, a i tak, jeśli przedsiębiorca odzyska środki w tym terminie, będzie mógł mówić o dużym szczęściu. Dłuższy, bo 180-dniowy okres, przepisy przewidują dla podatników, którzy w okresie rozliczeniowym dokonywali w Polsce jedynie zakupów, a wszystkie dostawy towarów lub świadczone przez nich usługi miały miejsce poza terytorium kraju.
Ustawa przewiduje w niektórych przypadkach także krótszy termin – 25 dni, jednak ze względu na konieczność spełnienia szeregu przesłanek, dotyczy on coraz mniejszej liczby podmiotów. Inne zasady obowiązują przedsiębiorców zagranicznych, którzy na zwrot muszą czekać do 4 miesięcy lub – a gdy organy podatkowe wymagają udzielenia dodatkowych informacji – nawet do 8 miesięcy.
Długie terminy przewidziane przez przepisy stają się jednak niewielkim problemem wobec niekończących się kontroli podatkowych, które często są wszczynane niemal automatycznie po wystąpieniu o zwrot podatku – co do zasady, do czasu ich zakończenia zwrot jest wstrzymywany.
Przedłużanie terminu zwrotu VAT
W myśl ustawy, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć wskazane terminy do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego.
Przepisy nie precyzują, w jakich sytuacjach dodatkowa weryfikacja powinna być przeprowadzona, co sprawia, że ta możliwość jest nadużywana przez organy podatkowe. Co gorsza, przepisy nie rozstrzygają też, jak długo takie kontrole powinny trwać, w związku z czym często ciągną się miesiącami, a nawet latami.
Wpływa na to możliwość przeprowadzenia kontroli krzyżowych, a więc weryfikowania rozliczeń przedsiębiorcy wnioskującego o zwrot VAT z rozliczeniami jego kontrahentów. Procedura ta często okazuje się skuteczna przy identyfikacji nadużyć podatkowych, jednak znaczenie wydłuża kontrolę.
Wstrzymane zwroty VAT na kwoty miliardów złotych
Celowość prowadzenia kontroli w zakresie zwrotu VAT nie budzi wątpliwości. Problemem jest jednak podejście organów podatkowych, w tym nieuzasadnione przedłużanie kontroli (zob. bezprawie urzędnicze). Niepodejmowanie przez organy żadnych czynności w ustawowym terminie na dokonanie zwrotu, wszczynanie kontroli i nieuzasadnione jej przedłużanie, nie są zjawiskami rzadkimi.
Co gorsza, można odnieść wrażenie, że wstrzymany zwrot VAT jest jednym ze sposobów na poprawienie statystyk, gdyż zatrzymany podatek jest traktowany jak dochód budżetu państwa. Świadczyć o tym może skala problemu – wartość wstrzymanych zwrotów sięga miliardów złotych.
Oszustwa podatkowe
W ten sposób dochodzi do absurdu – choćby w przypadku podatników wystawiających faktury z odwrotnym obciążeniem. System reverse charge, mający na celu uszczelnienie systemu VAT, oznacza często konieczność korzystania z procedury zwrotu podatku, a tym samym naraża podatników na długie kontrole. Największe problemy spotykają przedsiębiorców, u których możliwości dokonania nadużyć są stosunkowo niewielkie.
Uczciwi przedsiębiorcy zazwyczaj ostatecznie dostają zwrot podatku wraz z odsetkami, jednak często nie rekompensuje to poniesionych strat. Wstrzymanie przez organy podatkowe zwrotu może prowadzić do poważnych problemów finansowych, a nawet sprawić, że prowadzenie dalszej działalności staje się niemożliwe. W ten sposób próba wyeliminowania oszustw podatkowych boleśnie uderza w uczciwych podatników.
Reprezentacja przy zwrocie VAT
Wszystko to sprawia, że składając wniosek o zwrot warto się odpowiednio przygotować (zob. reprezentacja przy zwrocie VAT). Przedsiębiorcy powinni nie tylko liczyć się z tym, że zwrot może nastąpić później niż przewidują to przepisy, ale także przygotować się do kontroli. Warto więc zadbać o to, by w dokumentach przedkładanych organom uniknąć błędów oraz wyeliminować ryzyka i kwestie będące przyczyną najczęstszych zastrzeżeń. To jednak zwykle duże wyzwanie i konieczne okazuje się skorzystanie z profesjonalnego wsparcia (zob. doradzt2wo podatkowe i spory podatkowe).

Założyciel i Partner Zarządzający Kancelarii Prawnej Skarbiec, uznanej przez Dziennik Gazetę Prawną za jedną z najlepszych firm doradztwa podatkowego w Polsce (2023, 2024). Radca prawny z 19-letnim doświadczeniem, obsługujący przedsiębiorców z list Forbes oraz innowacyjne start-upy. Jeden z najczęściej cytowanych ekspertów prawa gospodarczego i podatkowego w polskich mediach, regularnie publikujący w Rzeczpospolitej, Gazecie Wyborczej i Dzienniku Gazecie Prawnej. Autor publikacji „AI Decoding Satoshi Nakamoto. Artificial Intelligence on the Trail of Bitcoin’s Creator” oraz współautor nagrodzonej książki „Bezpieczeństwo współczesnej firmy”. Profil LinkedIn: 17 tys. obserwujących, 4 mln odsłon rocznie. Nagrody: 4-krotny laureat Medalu Europejskiego, Złota Statuetka Lidera Polskiego Biznesu, tytuł „International Tax Planning Law Firm of the Year in Poland”. Specjalizuje się w strategicznym doradztwie prawnym, planowaniu podatkowym i zarządzaniu kryzysowym dla biznesu.