Protokół kontroli podatkowej

Protokół kontroli podatkowej

2018-09-27

Protokół kontroli podatkowej stanowi fundamentalny dokument kończący kontrolę podatkową. Jego prawidłowe sporządzenie warunkuje nie tylko możliwość wszczęcia postępowania podatkowego, ale również determinuje zakres uprawnień procesowych podatnika. Analiza najnowszego orzecznictwa sądów administracyjnych oraz Sądu Najwyższego pozwala na kompleksowe przedstawienie wymogów formalnych protokołu kontroli oraz konsekwencji ich naruszenia.

Protokół kontroli podatkowej – istota i cel sporządzenia

Zgodnie z art. 290 § 1 Ordynacji podatkowej, kontrolujący dokumentuje przebieg kontroli w protokole kontroli podatkowej. Jak wskazuje się w doktrynie, celem protokołu jest nie tylko utrwalenie ustalonego stanu faktycznego i materiału dowodowego, ale także chronologiczne odnotowanie przebiegu kontroli. Protokół kończy kontrolę podatkową, a dzień jego doręczenia kontrolowanemu wyznacza moment zakończenia kontroli (art. 291 § 4 Ordynacji podatkowej).

Sąd Najwyższy w wyroku z 27 marca 2024 r. (II CSKP 1028/22) wyjaśnił charakter prawny protokołu kontroli: „Protokół kontroli podatkowej jest czynnością jedynie dokumentacyjną, o treści i skutkach określonych w przepisach prawa podatkowego. Nie stanowi wykonywania władzy publicznej w rozumieniu art. 417 § 1 KC prowadzenie czynności kontrolnych zakończonych wydaniem protokołu kontroli.” Dopiero decyzja podatkowa stanowi działanie władczo kształtujące sytuację prawną podatnika.

WSA w Opolu w wyroku z 8 kwietnia 2021 r. (I SA/Op 80/21) podkreślił: „Protokół kontroli podatkowej stanowi opis ustalonego stanu faktycznego w zakresie objętym przedmiotem kontroli. Nie ma on charakteru definitywnego, wiążącego w tym znaczeniu, że opisany w nim stan faktyczny może podlegać modyfikacjom w późniejszym czasie. Protokół kontroli nie kreuje wysokości zobowiązań podatkowych.”

Elementy protokołu kontroli według art. 290 § 2 Ordynacji podatkowej

Ustawodawca w art. 290 § 2 Ordynacji podatkowej szczegółowo określił, jakie elementy musi zawierać protokół kontroli. Są to elementy obligatoryjne, których brak może skutkować wadliwością całego dokumentu:

Elementy identyfikacyjne:

  • wskazanie kontrolowanego (art. 290 § 2 pkt 1),
  • wskazanie osób kontrolujących (art. 290 § 2 pkt 2),
  • określenie przedmiotu i zakresu kontroli podatkowej (art. 290 § 2 pkt 3),
  • określenie miejsca i czasu przeprowadzenia kontroli (art. 290 § 2 pkt 4).

Elementy merytoryczne:

  • opis dokonanych ustaleń faktycznych (art. 290 § 2 pkt 5),
  • dokumentacja dotycząca przeprowadzonych dowodów (art. 290 § 2 pkt 6),
  • ocena prawna sprawy będącej przedmiotem kontroli (art. 290 § 2 pkt 6a).

Elementy informacyjne:

  • pouczenie o prawie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz prawie złożenia korekty deklaracji (art. 290 § 2 pkt 7),
  • pouczenie o obowiązku zawiadomienia organu o zmianie adresu w ciągu 6 miesięcy od zakończenia kontroli (art. 290 § 2 pkt 8).

Jak wskazano w komentarzu do Ordynacji podatkowej, opis dokonanych ustaleń faktycznych powinien obejmować stan rzeczywisty stwierdzony u kontrolowanego i odnosić się do wszystkich przeprowadzonych czynności kontrolnych. Ustalenia faktyczne oraz przeprowadzone dowody powinny znaleźć odzwierciedlenie w innych protokołach sporządzonych w toku kontroli, które stanowią załącznik do protokołu kontroli (art. 290 § 4 Ordynacji podatkowej).

Ocena prawna w protokole kontroli – kluczowy wymóg formalny

Najistotniejszym elementem protokołu kontroli jest ocena prawna sprawy będącej przedmiotem kontroli (art. 290 § 2 pkt 6a Ordynacji podatkowej). Jak wskazuje doktryna: „Z oceny prawnej dla kontrolowanego powinno wynikać, jakie przepisy naruszył i dlaczego organ je kwestionuje. Przedstawione w ramach oceny prawnej informacje mogą przekonać kontrolowanego o zasadności i potrzebie złożenia korekty deklaracji podatkowej.”

NSA w wyroku z 2 lutego 2018 r. (II FSK 126/16) sformułował fundamentalną tezę: „Ustalenie faktyczne kontroli jest ujawnioną nieprawidłowością, o której mowa w art. 290 § 2 pkt 5 w zw. z art. 165b § 1 Ordynacji podatkowej, jeżeli w przedstawionej w protokole kontroli ocenie prawnej, obowiązkowej na podstawie art. 290 § 2 pkt 6a ustawy, zostanie ocenione jako niezgodna z prawem podatkowym nieprawidłowość.”

W uzasadnieniu tego wyroku NSA wyjaśnił: „Ocena prawna jest w protokole kontroli niezbędna, ponieważ na jej podstawie organ podatkowy rozważa wszczęcie postępowania podatkowego uzasadnione tymi okolicznościami faktycznymi skontrolowanego stanu faktycznego, które ocenione zostały jako naruszające prawo podatkowe nieprawidłowości. Stwierdzenie i kwalifikacja prawna nieprawidłowości stanowi także podstawę rozważań podatnika, który otrzymał zgodny z prawem protokół kontroli, odnośnie do uzasadnienia wniesienia określonych zastrzeżeń lub wyjaśnień albo korekty deklaracji podatkowej.”

Należy jednak pamiętać, że ocena prawna zawarta w protokole kontroli ma charakter wstępny. Jak podkreślił WSA w Lublinie w wyroku z 2 grudnia 2011 r. (I SA/Lu 568/11): „Zamieszczenie w protokole oceny prawnej ma istotne znaczenie z punktu widzenia obrony interesu kontrolowanego, to jednak nie nadaje to takiej ocenie bezwzględnie wiążącego charakteru na ewentualnym dalszym etapie postępowania podatkowego. Zawarte w protokole kontroli ustalenia podlegają regułom postępowania dowodowego. W zależności od efektów postępowania dowodowego, stanowisko organu podatkowego może ulec zmianie.” [teza skrócona z oryginalnej wypowiedzi – przyp. R.N.].

Doręczenie protokołu kontroli – moment zakończenia kontroli podatkowej

Protokół kontroli podatkowej sporządza się w dwóch egzemplarzach, z których jeden doręcza się kontrolowanemu (art. 290 § 6 Ordynacji podatkowej). Dzień doręczenia protokołu kontroli wyznacza zakończenie kontroli podatkowej (art. 291 § 4 Ordynacji podatkowej).

NSA w wyroku z 8 grudnia 2023 r. (III FNP 1/23) jednoznacznie potwierdził: „Termin 6 miesięcy na wszczęcie postępowania podatkowego, o jakim mowa w art. 165b § 1 Ordynacji podatkowej, należy liczyć od dnia zakończenia kontroli podatkowej, przez który należy rozumieć – stosownie do art. 291 § 4 w związku z art. 290 § 6 ustawy – dzień doręczenia przez organ podatkowy protokołu kontroli kontrolowanemu.”

Tożsame stanowisko zajął WSA w Warszawie w wyroku z 18 czerwca 2024 r. (III SA/Wa 688/24): „Termin zakończenia kontroli podatkowej jest jednoznacznie określony w art. 291 § 4 w związku z art. 290 § 6 Ordynacji podatkowej – jest to dzień doręczenia protokołu kontroli kontrolowanemu.”

Co istotne, doręczenie protokołu po terminie wskazanym w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli nie powoduje nieskuteczności czynności podjętych w trakcie kontroli podatkowej, gdyż protokół kontroli nie jest ostatecznym rozstrzygnięciem w sprawie.

Nieprawidłowości w protokole kontroli a wszczęcie postępowania podatkowego

Art. 165b § 1 Ordynacji podatkowej wprowadza szczególną relację między kontrolą podatkową a postępowaniem podatkowym. Przepis stanowi, że w przypadku ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego, organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe nie później niż w terminie 6 miesięcy od zakończenia kontroli.

NSA w wyroku II FSK 126/16 wskazał: „Z treści art. 165b § 1 i 2 Ordynacji podatkowej wynika, że postępowanie podatkowe, po przeprowadzeniu kontroli podatkowej, nie może być wszczęte w przypadku nie stwierdzenia jak i nieujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.”

WSA w Szczecinie w wyroku z 17 marca 2021 r. (I SA/Sz 57/21) doprecyzował: „Jeżeli protokół kontroli podatkowej zawiera ustalenia organu, które już wywołują wątpliwości organu w zakresie rzetelności i prawidłowości zawartych przez kontrolowanego podatnika transakcji z kontrahentami, co uniemożliwia wydanie jednoznacznej oceny prawnej kontrolowanej sprawy, to są to informacje uzasadniające wszczęcie postępowania podatkowego w terminie 6 miesięcy od dnia zakończenia kontroli podatkowej.” [teza skrócona z oryginalnej wypowiedzi – przyp. R.N.].

Jednocześnie WSA wskazał na wyjątek od tej zasady: „Stosownie do art. 165b § 3 pkt 2 Ordynacji podatkowej, organ podatkowy może wszcząć postępowanie po upływie 6 miesięcy, gdy otrzyma informację od organów podatkowych lub od innych organów, uzasadniające wszczęcie postępowania. Powinny to być informacje, których kontrolujący nie ujęli uprzednio w protokole kontroli, a zatem informacje nieznane dotąd kontrolującym.”

Brak oceny prawnej w protokole kontroli – konsekwencje dla organu

Orzecznictwo NSA konsekwentnie wskazuje, że protokół kontroli podatkowej pozbawiony oceny prawnej nie może stanowić podstawy wszczęcia postępowania podatkowego. W wyroku II FSK 126/16 Sąd stwierdził wprost: „Organ podatkowy nie ma dostatecznych podstaw prawnych do wszczęcia postępowania podatkowego, jeżeli protokół zakończonej kontroli podatkowej przedstawia tylko opis dokonanych ustaleń faktycznych, nie zawiera natomiast ich oceny prawnej wymaganej przez art. 290 § 2 pkt 6a Ordynacji podatkowej.”

Skutki te są daleko idące. Jak wskazał NSA: „Przez zaniechanie organu kontroli podatnik może uwolnić się nie tylko od zapłaty odsetek, ale też od zapłaty należności głównej, czyli podatku.”

W wyroku z 6 sierpnia 2021 r. (I FSK 328/18) NSA podkreślił gwarancyjną funkcję protokołu: „Protokół kontroli musi określać nieprawidłowości w taki sposób, by podatnik mógł uniknąć wszczynania postępowania podatkowego dokonując stosownej korekty uwzględniającej stwierdzone uchybienia.”

Protokół kontroli a protokół badania ksiąg podatkowych

Art. 290 § 5 Ordynacji podatkowej przewiduje możliwość zawarcia w protokole kontroli podatkowej ustaleń dotyczących badania ksiąg w zakresie przewidzianym w art. 193. W takim przypadku nie sporządza się odrębnego protokołu badania ksiąg. Kwestia ta ma szczególne znaczenie w kontekście zarzutów dotyczących nierzetelnego prowadzenia ksiąg.

NSA w wyroku z 14 czerwca 2019 r. (II FSK 2509/17) potwierdził: „W przypadku kontroli skarbowej, wymóg sporządzenia odrębnego protokołu z art. 193 § 6 Ordynacji podatkowej nie jest wymagany, gdyż art. 290 § 5 tej ustawy wskazuje, że w protokole kontroli mogą być zawarte również ustalenia dotyczące badania ksiąg w zakresie przewidzianym w art. 193 Ordynacji podatkowej.”

Wyrok NSA z 6 sierpnia 2021 r. (I FSK 328/18) wprowadza istotne rozróżnienie między funkcją obu protokołów: „Inny jest cel obu regulacji – podważenie domniemania wiarygodności ksiąg służy możliwości przeprowadzenia postępowania w oparciu o inne dowody niż podatkowe księgi, natomiast protokół kontroli musi określać nieprawidłowości w taki sposób, by podatnik mógł uniknąć wszczynania postępowania podatkowego dokonując stosownej korekty.”

Jak wskazuje doktryna, przedstawione zastrzeżenia nie dotyczą jednak przypadku, gdy ustalenia odnośnie do nierzetelności lub wadliwości ksiąg zostaną dokonane po zakończeniu kontroli podatkowej, w trakcie postępowania podatkowego. Wówczas wymagane jest sporządzenie odrębnego protokołu z badania ksiąg.

Czy braki protokołu kontroli można naprawić?

Orzecznictwo NSA jednoznacznie wskazuje, że wadliwie sporządzony protokół kontroli nie może być konwalidowany na etapie postępowania podatkowego. W wyroku II FSK 126/16 Sąd podkreślił: „Ewentualne błędy i uchybienia w tym zakresie w kontekście dyspozycji art. 165b § 1 Ordynacji podatkowej nie mogą być konwalidowane przez odwołanie się przez organ do argumentu, że protokół został sporządzony w sposób nieprawidłowy, a tym bardziej przez ponowne, tym razem poprawne sporządzenie protokołu.”

Podobnie w wyroku I FSK 328/18 NSA stwierdził, że zapisów protokołu kontroli nie można konwalidować na etapie postępowania, choć nie ma przeszkód, by sporządzić protokół badania ksiąg w rozumieniu art. 193 § 6 Ordynacji podatkowej – jednak jest to odrębna czynność procesowa służąca innemu celowi.

Moc dowodowa protokołu kontroli podatkowej

Protokół kontroli stanowi dowód w postępowaniu podatkowym, jednak podlega ogólnym zasadom oceny dowodów. WSA w Opolu w wyroku z 3 czerwca 2015 r. (I SA/Op 251/15) wyjaśnił: „Protokół z kontroli podatkowej nie dotyczy wprost uprawnień bądź obowiązków wynikających z przepisów prawa, nie jest aktem o charakterze władczym i rozstrzygającym. Niewątpliwie natomiast protokół sporządzony na podstawie art. 290 Ordynacji podatkowej stanowi dowód w postępowaniu podatkowym, a zatem podlega ogólnym zasadom dotyczącym oceny dowodów, w tym również wynikającej z art. 191 Ordynacji podatkowej zasady swobodnej oceny dowodów.”

NSA w wyroku z 30 września 2020 r. (I FSK 1694/17) wskazał na szczególne znaczenie protokołu kontroli dla oceny dobrej wiary podatnika: „Protokoły sporządzone przez właściwy organ po przeprowadzeniu odpowiedniej procedury kontrolnej mają znaczenie dla oceny dobrej wiary za okresy, których dotyczą i potwierdzają prawidłowość dokonywanych przez podatnika rozliczeń. Protokoły takie mają także znaczenie dla oceny dobrej wiary w odniesieniu do transakcji w innych okresach niż objęte kontrolą podatkową.”

Protokół kontroli a sądowa kontrola administracyjna

NSA w postanowieniu z 27 lutego 2014 r. (I FSK 60/14) wskazał, że protokół kontroli nie podlega bezpośredniej kontroli sądowej: „Protokół kontroli sporządzony na podstawie art. 290 Ordynacji podatkowej nie mieści się w pojęciu aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej w rozumieniu art. 3 § 2 pkt 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Sądowa kontrola takiego protokołu jest dopuszczalna jedynie w ramach postępowania ze skargi, mającej za przedmiot rozstrzygnięcie organu podatkowego w sprawie, w której dokument ten został dopuszczony jako dowód.”

Podatnik niezgadzający się z ustaleniami kontroli może zaskarżyć dopiero decyzję podatkową, składając skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, a następnie ewentualnie skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Zastrzeżenia do protokołu kontroli – uprawnienie podatnika

Doręczenie protokołu kontroli rozpoczyna bieg 14-dniowego terminu na złożenie zastrzeżeń lub wyjaśnień do protokołu kontroli. Jak wskazał WSA w Białymstoku w wyroku z 28 kwietnia 2010 r. (I SA/Bk 91/10): „Jeżeli w toku postępowania podatkowego prowadzona jest równolegle kontrola podatkowa, to rzeczą organu podatkowego jest zadbanie o to, ażeby przed wydaniem decyzji kontrolowany mógł odnieść się do treści protokołu. W przeciwnym razie iluzoryczna staje się funkcja gwarancyjna prawa do wniesienia zastrzeżeń lub wyjaśnień do protokołu.”

Złożenie zastrzeżeń do protokołu kontroli stanowi istotne uprawnienie procesowe podatnika. Kontrolujący mają obowiązek rozpatrzyć zastrzeżenia i poinformować o sposobie ich załatwienia. Brak zastrzeżeń ze strony kontrolowanego oznacza w praktyce akceptację ustaleń kontroli.

B. Prawo podatnika do korekty deklaracji po kontroli podatkowej

Zgodnie z art. 81b § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, na czas trwania kontroli prawo do skorygowania deklaracji w zakresie objętym kontrolą ulega zawieszeniu. Po zakończeniu kontroli (doręczeniu protokołu kontroli) prawo to przysługuje nadal.

Jeżeli podatnik złoży korektę deklaracji w całości uwzględniającą ujawnione w protokole kontroli nieprawidłowości, organ nie wszczyna postępowania podatkowego (art. 165b § 2 Ordynacji podatkowej). Warunkiem skorzystania z tego uprawnienia jest jednak precyzyjne określenie w protokole kontroli, jakie nieprawidłowości zostały stwierdzone i jaka jest ich kwalifikacja prawna.

Wymogi formalne podpisu protokołu kontroli

WSA w Warszawie w wyrokach z 3 grudnia 2010 r. (III SA/Wa 1776/10) oraz z 29 listopada 2010 r. (III SA/Wa 1619/10) wyjaśnił: „Brak podpisu drugiej osoby biorącej udział w czynnościach kontrolnych, jako niewymieniony w art. 290 § 2 pkt 1-8 Ordynacji podatkowej, nie jest okolicznością, z której można wnioskować o naruszeniu art. 290 § 2 tej ustawy.” Również brak pouczenia o obowiązku zawiadomienia o zmianie adresu nie powoduje nieważności ustaleń dokonanych w protokole kontroli.

NSA w wyroku z 12 września 2013 r. (II FSK 2563/11) wskazał: „Skoro art. 290 § 1 Ordynacji podatkowej przewiduje obowiązek sporządzenia protokołu kontroli przez kontrolującego, jednoznacznie posługując się liczbą pojedynczą, to sporządzenie i podpisanie protokołu kontroli przez inspektora (posiadającego upoważnienie do przeprowadzenia kontroli) należy uznać za wystarczające i niesprzeczne z prawem.”

Załączniki do protokołu kontroli

WSA w Olsztynie w wyroku z 4 sierpnia 2011 r. (I SA/Ol 414/11) wyjaśnił zakres obowiązku doręczenia: „Do pojęcia 'protokołu kontroli’ zawartego w art. 290 § 1 Ordynacji podatkowej nie można zaliczać także załączników do protokołu kontroli. Załącznik stanowi odrębny dokument, który jest załączany do dokumentu głównego. Skoro ustawodawca w art. 290 § 6 ustawy wyraźnie wskazał, że doręczeniu podlega wyłącznie protokół kontroli, nie można tego obowiązku rozciągać na załącznik do protokołu.”

WSA we Wrocławiu w wyroku z 29 listopada 2016 r. (I SAB/Wr 15/16) doprecyzował jednak: „Aktami sprawy w toku kontroli podatkowej będzie nie tylko sporządzony na podstawie art. 290 Ordynacji podatkowej protokół kontroli, lecz również protokoły z tzw. kontroli krzyżowych przeprowadzonych w związku z prowadzoną kontrolą podatkową.”

Kontrola celno-skarbowa a protokół kontroli

Warto zwrócić uwagę, że odrębne regulacje dotyczą kontroli celno-skarbowej, która stanowi bardziej inwazyjną formę weryfikacji rozliczeń podatnika. W przypadku kontroli celno-skarbowej również sporządzany jest protokół, jednak procedura ta rządzi się częściowo odmiennymi zasadami.

Utrudnianie kontroli podatkowej – konsekwencje karne

Podatnik, który utrudnia lub udaremnia wykonanie czynności kontrolnych, naraża się na odpowiedzialność karną skarbową. Zgodnie z art. 83 Kodeksu karnego skarbowego, utrudnianie kontroli podatkowej stanowi wykroczenie lub przestępstwo skarbowe, w zależności od stopnia społecznej szkodliwości czynu.

Spory z fiskusem – jak się bronić?

Podatnicy, którzy otrzymali niekorzystny protokół kontroli podatkowej, powinni rozważyć profesjonalne wsparcie w ramach sporów z fiskusem. Kluczowe znaczenie ma terminowe złożenie zastrzeżeń do protokołu kontroli oraz ewentualne przygotowanie się do postępowania podatkowego.

W przypadku wydania niekorzystnej decyzji podatkowej, podatnik może skorzystać z reprezentacji w sporach podatkowych przed sądami.

Podsumowanie – znaczenie prawidłowego sporządzenia protokołu kontroli

Analiza orzecznictwa sądów administracyjnych i Sądu Najwyższego prowadzi do następujących wniosków dotyczących protokołu kontroli podatkowej:

  1. Protokół kontroli musi zawierać wszystkie elementy określone w art. 290 § 2 Ordynacji podatkowej, w szczególności ocenę prawną sprawy.
  2. Same ustalenia faktyczne bez oceny prawnej nie stanowią ujawnienia nieprawidłowości w rozumieniu art. 165b § 1 Ordynacji podatkowej i nie uprawniają organu do wszczęcia postępowania podatkowego.
  3. Protokół kontroli nie jest aktem władczym – nie kształtuje władczo sytuacji prawnej podatnika. Takim aktem jest dopiero decyzja podatkowa.
  4. Wad protokołu kontroli nie można konwalidować na późniejszych etapach postępowania.
  5. Termin 6 miesięcy na wszczęcie postępowania podatkowego biegnie od dnia doręczenia protokołu kontroli kontrolowanemu.
  6. Prawidłowo sporządzony protokół kontroli gwarantuje podatnikowi możliwość złożenia korekty deklaracji i uniknięcia postępowania podatkowego.
  7. Protokół kontroli stanowi dowód w postępowaniu podatkowym, podlegający swobodnej ocenie organów podatkowych.

Znajomość wymogów formalnych protokołu kontroli podatkowej i umiejętność identyfikacji uchybień organu może przesądzić o wyniku sporu z fiskusem. Sprawy rozstrzygnięte wyrokami NSA oraz najnowsze orzecznictwo z lat 2021-2024 potwierdzają, że detale proceduralne niejednokrotnie decydują o losach całego postępowania podatkowego.

Kancelaria Prawna Skarbiec specjalizuje się w prawie podatkowym, kontrolach podatkowych i postępowaniach przed organami skarbowymi