Przewlekłe prowadzenie kontroli

Przewlekłe prowadzenie kontroli polega na tym, iż kontrola podatkowa albo celno-skarbowa trwa dłużej, niż wymaga tego jej przedmiot. Organ przekracza termin wskazany w upoważnieniu, przedłuża go kolejnymi zawiadomieniami bez nowych czynności albo zastępuje czynności okresami ciszy. Dla kontrolowanego oznacza to zamrożony zwrot VAT, koszty obsługi i niepewność, która ciągnie się latami.

Prawo wyznacza kontroli trzy granice. Pierwszą jest termin zakończenia wskazany w upoważnieniu (art. 284b ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, dalej: OP). Drugą są roczne limity dni roboczych dla przedsiębiorców, od 6 dni u mikroprzedsiębiorcy do 48 dni u dużej firmy (art. 55 ustawy z dnia 6 marca 2018 r. Prawo przedsiębiorców). Trzecią są trzy miesiące dla kontroli celno-skarbowej (art. 63 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, dalej: ustawa o KAS).

Przekroczenie tych granic ma skutki dowodowe i finansowe. Od 4 listopada 2025 r. kontrola trwająca dłużej niż sześć miesięcy wyłącza odsetki za zwłokę za okres przekroczenia (art. 54 § 1 pkt 7c OP). Środki ochrony zależą od rodzaju kontroli: sprzeciw i skarga z Prawa przedsiębiorców, ponaglenie, skarga do wojewódzkiego sądu administracyjnego, a po wyroku roszczenie o odszkodowanie.

Praktyka organów polega zwykle na obchodzeniu limitów, nie na ich łamaniu wprost. Dlatego obrona zaczyna się od kalendarza: od pierwszego dnia kontroli liczy się dni i dokumentuje każdą czynność.

Najważniejsze w skrócie

1. Trzy granice czasu. Upoważnienie do kontroli podatkowej wskazuje datę rozpoczęcia i przewidywany termin zakończenia (art. 283 § 2 pkt 6 OP). Kontrola powinna zakończyć się bez zbędnej zwłoki, nie później niż w tym terminie; przedłużenie wymaga pisemnego zawiadomienia z podaniem przyczyn i nowego terminu (art. 284b § 1 i 2 OP). U przedsiębiorcy czas wszystkich kontroli jednego organu w roku nie może przekroczyć 6 dni roboczych u mikroprzedsiębiorcy (od 13 lipca 2025 r., wcześniej 12), 18 u małego, 24 u średniego i 48 u pozostałych (art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców). Kontrola celno-skarbowa powinna zakończyć się nie później niż w trzy miesiące od wszczęcia, z przedłużeniem za zawiadomieniem (art. 63 ust. 1 i 2 ustawy o KAS); limitów dni z Prawa przedsiębiorców nie stosuje się do niej (art. 93 ustawy o KAS).
2. Liczenie dni. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 15 października 2025 r. (III OSK 1677/22) przyjął, że limit z art. 55 obejmuje kolejno następujące po sobie dni robocze od wszczęcia do zakończenia kontroli, niezależnie od tego, czy czynności odbywają się w firmie, w siedzibie organu czy zdalnie. Wyłączenia z art. 55 ust. 2 Prawa przedsiębiorców i przedłużenia z art. 55 ust. 3 do 6a pozostają w mocy.
3. Skutek dowodowy. Dokumenty z czynności kontrolnych dokonanych po upływie terminu z upoważnienia nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym, chyba że wskazano nowy termin zakończenia (art. 284b § 3 OP). W kontroli celno-skarbowej dokumenty zgromadzone po terminie, z wyjątkiem tych, o które wystąpiono przed jego upływem, nie stanowią dowodu, chyba że wskazano nowy termin (art. 63 ust. 4 ustawy o KAS). Dowody przeprowadzone z naruszeniem przepisów o kontroli nie mogą być wykorzystane, jeżeli miały istotny wpływ na wynik kontroli (art. 46 ust. 3 Prawa przedsiębiorców).
4. Skutek finansowy. Jeżeli kontrola podatkowa albo celno-skarbowa nie zakończy się w sześć miesięcy od wszczęcia, odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia zakończenia kontroli (art. 54 § 1 pkt 7c OP). Do terminu i okresu nie wlicza się okresów z art. 54 § 2a OP. Przepis obowiązuje od 4 listopada 2025 r. i obejmuje także kontrole wszczęte w ciągu sześciu miesięcy przed tą datą, jeżeli wtedy jeszcze trwały (ustawa z 12 września 2025 r., Dz.U. poz. 1414). Starsze kontrole wymagają odrębnej analizy.
5. Środki ochrony. W kontroli podatkowej u przedsiębiorcy: sprzeciw w terminie trzech dni roboczych (art. 59 Prawa przedsiębiorców), zażalenie, a po utrzymaniu w mocy postanowienia o kontynuowaniu czynności skarga do sądu na przewlekłe prowadzenie kontroli (art. 59 ust. 14 i 15). W każdej kontroli ponaglenie z art. 141 OP, stosowane odpowiednio na podstawie art. 292 OP albo art. 94 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, a po nim skarga do WSA na przewlekłość (art. 3 § 2 pkt 9 i art. 149 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, dalej: p.p.s.a.). Skarga wniesiona po zakończeniu kontroli podlega odrzuceniu (uchwała NSA z 7 marca 2022 r., II OPS 1/21).
6. Przedsiębiorcy, który poniósł szkodę na skutek czynności kontrolnych wykonanych z naruszeniem prawa, przysługuje odszkodowanie (art. 46 ust. 1 Prawa przedsiębiorców). Poza tym reżimem roszczenie opiera się na zasadach ogólnych, w tym na art. 417¹ § 3 Kodeksu cywilnego po stwierdzeniu przewlekłości przez sąd administracyjny. Przedawnienie: trzy lata od dowiedzenia się o szkodzie i osobie obowiązanej, nie dłużej niż dziesięć lat od zdarzenia (art. 442¹ § 1 Kodeksu cywilnego).

Trzy granice czasu kontroli

Termin z upoważnienia i limity z Prawa przedsiębiorców działają niezależnie. Kontrola u mikroprzedsiębiorcy z terminem zakończenia za 30 dni musi mimo to zmieścić się w 6 dniach roboczych. Kontrola osoby, która nie prowadzi działalności, podlega tylko terminowi z upoważnienia.

Wyłączenia z art. 55 ust. 2 Prawa przedsiębiorców tłumaczą większość kontroli trwających latami. Najczęściej powoływane są dwa: kontrola zasadności zwrotu VAT przed jego dokonaniem oraz kontrola niezbędna dla przeciwdziałania przestępstwu lub przestępstwu skarbowemu. Organ musi wyłączenie powołać i wykazać, a sąd bada, czy zwrot rzeczywiście był przedmiotem kontroli. Przebieg obu rodzajów kontroli opisują hasła kontrola podatkowa i kontrola celno-skarbowa, a spór o liczenie dni tekst o czasie trwania kontroli.

Jak liczyć dni kontroli u przedsiębiorcy

Przez lata organy liczyły do limitu tylko dni, w które kontrolujący byli obecni w firmie. Dni spędzone na analizie dokumentów w urzędzie nie liczyły się wcale. NSA w wyroku III OSK 1677/22 odrzucił tę praktykę: czas trwania kontroli to kolejne dni robocze od daty wszczęcia do zakończenia, bez względu na miejsce czynności, także gdy odbywają się w siedzibie organu lub zdalnie.

Limit można przekroczyć tylko w sytuacjach, które ustawa wymienia. Przedłużenie z przyczyn niezależnych od organu wymaga uzasadnienia na piśmie i nie może naruszać limitów rocznych (art. 55 ust. 3). Przedłużenie do dwukrotności limitu jest możliwe, gdy w toku kontroli ujawniono zaniżenie zobowiązania o więcej niż 10 procent, lecz co najmniej o 500 zł, zawyżenie straty o więcej niż 50 procent, lecz co najmniej o 2 500 zł, albo niezłożenie deklaracji (art. 55 ust. 4 i 6). U mikroprzedsiębiorcy organ może przedłużyć kontrolę do 12 dni, jeżeli po zakończeniu czynności w firmie pozostało tylko gromadzenie i analiza dokumentów oraz sporządzenie protokołu (art. 55 ust. 6a). Zwykłe wykrycie dowolnego uchybienia nie wystarcza.

Podstawą liczenia jest książka kontroli, w której przedsiębiorca odnotowuje daty podjęcia i zakończenia każdej kontroli (art. 57 Prawa przedsiębiorców). Wpisy warto porównać z datami doręczeń upoważnień i zawiadomień.

Przewlekłość a bezczynność w kontroli

Bezczynność to niezałatwienie sprawy w terminie; przewlekłość to działanie nieefektywne. W kontroli częstsza jest przewlekłość. Organ co kilka miesięcy wzywa o kolejne dokumenty, przesłuchuje świadków z długimi przerwami, występuje do kontrahentów i organów zagranicznych, a między tymi czynnościami nie dzieje się nic.

Sądy administracyjne uznają za przewlekłe czynności pozorne i powtarzane, wielomiesięczne przerwy bez uzasadnienia oraz przedłużanie terminu bez wskazania, co pozostało do zrobienia. Wystąpienie o informacje do organu innego państwa może zawiesić bieg przedawnienia, lecz tylko wtedy, gdy spełnione są przesłanki z art. 70a OP, a łączne zawieszenie nie może przekroczyć trzech lat. Zarzut formułuje się stosownie do akt; środki, terminy i skutki odsetkowe w samym postępowaniu podatkowym omawia hasło bezczynność organu.

Skutki przekroczenia terminów

Dowody

Czynności dokonane po terminie z upoważnienia bez skutecznego zawiadomienia o nowym terminie nie są dowodem w postępowaniu podatkowym (art. 284b § 3 OP). W kontroli celno-skarbowej regułę tę zawiera art. 63 ust. 4 ustawy o KAS, z jednym wyjątkiem: dokumenty, o które organ wystąpił przed upływem terminu, pozostają dowodem. Dowody przeprowadzone z naruszeniem przepisów o kontroli działalności gospodarczej nie mogą stanowić dowodu w postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karnym skarbowym, jeżeli miały istotny wpływ na wyniki kontroli (art. 46 ust. 3 Prawa przedsiębiorców). Żaden z tych przepisów nie unieważnia automatycznie całego materiału: trzeba wskazać konkretny dokument, datę czynności i brak zawiadomienia.

Organ broni się, twierdząc, że zawiadomienie wysłano, albo że spóźniony dowód pochodzi z czynności sprawdzających lub innego postępowania. Dlatego kontrolowany dokumentuje daty doręczeń i daty czynności. Jak podnieść ten zarzut, opisują hasło dowody w sprawie podatkowej i tekst o dowodzie zdobytym nielegalnie w postępowaniu podatkowym.

Odsetki za zwłokę

Jeżeli kontrola podatkowa albo celno-skarbowa nie zostanie zakończona w sześć miesięcy od wszczęcia, odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia zakończenia kontroli (art. 54 § 1 pkt 7c OP). Do sześciomiesięcznego terminu i do okresu wyłączenia nie wlicza się terminów przewidzianych na dokonanie czynności, okresów zawieszenia kontroli oraz opóźnień z winy strony lub jej przedstawiciela albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 54 § 2a OP). Wyłączenie nie obejmuje całego czasu kontroli ani okresu do doręczenia późniejszej decyzji; od wszczęcia postępowania podatkowego działa odrębna reguła z art. 54 § 1 pkt 7 OP, czyli brak odsetek, gdy decyzji nie doręczono w trzy miesiące.

Nowe przepisy obowiązują od 4 listopada 2025 r. i stosują się także do kontroli wszczętych w ciągu sześciu miesięcy przed tą datą, jeżeli w dniu wejścia w życie jeszcze trwały (art. 2 ustawy z 12 września 2025 r.). Kontrole wszczęte wcześniej nie korzystają z pkt 7c. W ich sprawach orzecznictwo jest niejednolite: część sądów, odwołując się do wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r. (SK 2/10), stosowała wyłączenie odsetek także do długotrwałych kontroli celno-skarbowych (na przykład WSA w Krakowie w wyroku I SA/Kr 594/22), inne odmawiały. Każdą starszą kontrolę trzeba więc ocenić osobno, z wyliczeniem odsetek w obu wariantach. Zasady naliczania opisuje hasło odsetki od zaległości podatkowych.

Wszczęcie postępowania po kontroli

Gdy kontrola podatkowa ujawni nieprawidłowości, a podatnik nie złoży deklaracji ani korekty uwzględniającej je w całości, organ wszczyna postępowanie podatkowe nie później niż sześć miesięcy od zakończenia kontroli (art. 165b § 1 OP). Po tym terminie postępowanie można wszcząć tylko w dwóch sytuacjach: gdy podatnik złoży ponowną korektę, w której nie uwzględni ujawnionych nieprawidłowości, albo gdy organ otrzyma od organów podatkowych lub innych organów informacje uzasadniające wszczęcie (art. 165b § 3 OP). Kontrola celno-skarbowa kończy się doręczeniem wyniku kontroli; jeżeli kontrolowany nie skoryguje rozliczenia w 14 dni albo organ korekty nie uwzględni, kontrola przekształca się w postępowanie podatkowe postanowieniem (art. 82 i 83 ustawy o KAS).

Przedawnienie

Kontrola sama nie zawiesza biegu przedawnienia. Zobowiązanie przedawnia się w toku przewlekłej kontroli na zasadach opisanych w haśle przedawnienie zobowiązań podatkowych. Organ, który chce temu zapobiec, sięga po wszczęcie postępowania karnego skarbowego albo po wystąpienie do organów zagranicznych; sądy badają, czy nie jest to działanie instrumentalne. Przerwanie i zawieszenie biegu terminu omawia tekst o zawieszeniu biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Trzy drogi ochrony: sprzeciw, ponaglenie, skarga

Sprzeciw w kontroli podatkowej u przedsiębiorcy

Przedsiębiorca może wnieść sprzeciw wobec czynności kontrolnych podjętych z naruszeniem przepisów o zawiadomieniu, upoważnieniu, obecności, równoczesnych kontrolach, limitach czasu i ponownej kontroli (art. 59 ust. 1 Prawa przedsiębiorców). Sprzeciw wymaga uzasadnienia i wnosi się go na piśmie do organu kontroli w terminie trzech dni roboczych od wszczęcia kontroli albo od wystąpienia przesłanki, na przykład od dnia przekroczenia limitu (ust. 3 i 4).

Wniesienie sprzeciwu wstrzymuje czynności kontrolne i bieg czasu kontroli (ust. 5). Wstrzymanie nie działa, gdy organ prowadzi kontrolę, powołując się na przeciwdziałanie przestępstwu lub wykroczeniu, w tym skarbowemu (ust. 5a). Organ rozpatruje sprzeciw w trzy dni robocze postanowieniem o odstąpieniu od czynności albo o ich kontynuowaniu (ust. 7); brak rozstrzygnięcia w terminie oznacza odstąpienie od czynności (ust. 8). Na postanowienie służy zażalenie w terminie trzech dni, rozpatrywane w siedem dni (ust. 9), a brak jego rozpatrzenia w terminie oznacza uchylenie postanowienia i odstąpienie od czynności (ust. 10). Po utrzymaniu w mocy postanowienia o kontynuowaniu czynności przedsiębiorca może wnieść do sądu administracyjnego skargę na przewlekłe prowadzenie kontroli, do której stosuje się odpowiednio przepisy p.p.s.a. o skardze na przewlekłość (ust. 14 i 15). Sprzeciw nie przysługuje w kontroli celno-skarbowej (art. 93 ustawy o KAS).

Ponaglenie

Ponaglenie z art. 141 OP stosuje się odpowiednio w kontroli podatkowej (art. 292 OP) i w kontroli celno-skarbowej (art. 94 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS). Wnosi się je do organu wyższego stopnia nad organem kontrolującym; dla naczelnika urzędu skarbowego i naczelnika urzędu celno-skarbowego jest nim dyrektor izby administracji skarbowej. Organ rozpatrujący ponaglenie może wyznaczyć termin zakończenia kontroli i zarządzić wyjaśnienie przyczyn opóźnienia. Ustawa nie przewiduje terminu na jego rozpatrzenie, ale nie trzeba na nie czekać.

Skarga do sądu administracyjnego

Skargę na przewlekłe prowadzenie kontroli wnosi się do WSA w każdym czasie po wniesieniu ponaglenia (art. 53 § 2b p.p.s.a.). Dopuszczalność skargi na przewlekłość kontroli podatkowej NSA przyjął już w postanowieniu z 24 listopada 2016 r. (I FSK 1360/16), odwołując się do art. 3 § 2 pkt 9 p.p.s.a. i do wykładni zgodnej z Konstytucją. Dla kontroli celno-skarbowej podstawę daje odpowiednie stosowanie przepisów Ordynacji na mocy art. 94 ustawy o KAS, lecz dopuszczalność skargi sąd ocenia w konkretnej sprawie; nie należy zakładać ani że skarga zawsze przysługuje, ani że jest wykluczona.

Sąd uwzględniający skargę zobowiązuje organ do zakończenia kontroli w określonym terminie, stwierdza przewlekłość i orzeka, czy miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa; może wymierzyć organowi grzywnę albo przyznać skarżącemu sumę pieniężną (art. 149 p.p.s.a.). Skarga wniesiona dopiero po zakończeniu kontroli podlega odrzuceniu, bo uchwała II OPS 1/21 wyklucza skargę na przewlekłość wniesioną po ostatecznym zakończeniu postępowania. Czym innym jest zakończenie kontroli już po wniesieniu skargi: wtedy sąd nadal ocenia, czy doszło do przewlekłości i czy była rażąca. Przykłady spraw, w których organy przegrały z powodu własnej opieszałości, opisuje tekst o opieszałości organów skarbowych.

Odszkodowanie

Prawo przedsiębiorców przewiduje odszkodowanie dla przedsiębiorcy, który poniósł szkodę na skutek czynności kontrolnych wykonanych z naruszeniem prawa (art. 46 ust. 1). Przekroczenie limitu czasu jest takim naruszeniem. Roszczenie dochodzi się na zasadach ogólnych; przydatnym dowodem jest postanowienie uwzględniające sprzeciw albo wyrok sądu administracyjnego. Odszkodowania za przewlekłość rozumianą jako niezałatwienie sprawy dochodzi się na podstawie art. 417 i 417¹ § 3 Kodeksu cywilnego po stwierdzeniu naruszenia we właściwym postępowaniu.

Szkodą są koszty finansowania wstrzymanego zwrotu VAT ponad oprocentowanie ustawowe, koszty obsługi kontroli przekraczające zwykłe, utracone kontrakty i koszty zabezpieczeń. Sądy wymagają udokumentowania związku przyczynowego, więc rejestr szkody prowadzi się od początku kontroli. Roszczenie przedawnia się z upływem trzech lat od dowiedzenia się o szkodzie i osobie obowiązanej, najpóźniej dziesięć lat od zdarzenia (art. 442¹ § 1 Kodeksu cywilnego). Dochodzenie takich roszczeń opisują strony o ochronie przed bezprawiem urzędniczym i o odpowiedzialności odszkodowawczej organów podatkowych. Koszty długich kontroli pokazują teksty czas to pieniądz, długie kontrole podatkowe są kosztowne i o wstrzymaniu zwrotu VAT na trzy lata.

Co sprawdzić w przewlekłej kontroli

1. Kalendarz: data wszczęcia, termin z upoważnienia, każde zawiadomienie o przedłużeniu z datą doręczenia i podanymi przyczynami. Dni robocze od wszczęcia liczone według III OSK 1677/22.
2. Status przedsiębiorcy i limit: mikro 6, mały 18, średni 24, pozostali 48 dni. Wpisy w książce kontroli dla wszystkich kontroli tego organu w roku.
3. Wyłączenie z art. 55 ust. 2 Prawa przedsiębiorców: czy organ je powołał i czy jest prawdziwe. Kontrola zasadności zwrotu VAT musi dotyczyć zwrotu, nie całego rozliczenia.
4. Czynności w aktach: wgląd w akta i wykaz czynności z datami. Przerwy ponad kilka tygodni i powtarzane wezwania jako dowód przewlekłości.
5. Droga ochrony: sprzeciw w trzy dni robocze (tylko kontrola podatkowa u przedsiębiorcy), ponaglenie do dyrektora izby administracji skarbowej, skarga do WSA bez czekania na odpowiedź i przed zakończeniem kontroli.
6. Dowody po terminie: wyodrębnić czynności dokonane po terminie bez zawiadomienia i podnieść zarzut z art. 284b § 3 OP albo art. 63 ust. 4 ustawy o KAS w zastrzeżeniach do protokołu i w odwołaniu.
7. Odsetki i przedawnienie: policzyć sześć miesięcy z art. 54 § 1 pkt 7c OP i okres wyłączony, sprawdzić datę wszczęcia względem 4 listopada 2025 r., termin z art. 165b OP i daty przedawnienia. Szkodę dokumentować na bieżąco.

Tak wygląda pierwsza godzina pracy pełnomocnika nad aktami przewlekłej kontroli; zakres pomocy opisuje strona kontrola podatkowa: jak pomagamy.

Odpowiedniki w innych państwach

Niemiecka kontrola zewnętrzna (Außenprüfung) nie ma ustawowego limitu dni. Jej rozpoczęcie wstrzymuje upływ terminu wymiaru, lecz od reformy z 2022 r. wstrzymanie to kończy się najpóźniej pięć lat po roku, w którym doręczono zarządzenie kontroli, z wyjątkami dotyczącymi między innymi wniosków podatnika, pomocy międzynarodowej i postępowania karnego (§ 171 ust. 4 Abgabenordnung). W Stanach Zjednoczonych kontrola IRS ogranicza się terminem wymiaru: trzy lata od złożenia zeznania, sześć lat przy znacznym zaniżeniu, bez limitu przy oszustwie albo braku zeznania; przedłużenie w drodze pisemnej umowy z podatnikiem (IRC § 6501). Polskie limity dni są rozwiązaniem rzadkim; ich wartość zależy od tego, jak sądy liczą dni i jak organy stosują wyłączenia.

Najczęstsze pytania

Ile może trwać kontrola podatkowa?

Do terminu wskazanego w upoważnieniu, przedłużanego tylko pisemnym zawiadomieniem z przyczynami i nowym terminem (art. 284b OP). U przedsiębiorcy wszystkie kontrole jednego organu w roku nie mogą przekroczyć 6 dni roboczych u mikroprzedsiębiorcy, 18 u małego, 24 u średniego i 48 u pozostałych (art. 55 Prawa przedsiębiorców), z wyłączeniami z ust. 2 i przedłużeniami z ust. 3 do 6a.

Ile może trwać kontrola celno-skarbowa?

Powinna zakończyć się w trzy miesiące od wszczęcia, lecz organ może ją przedłużać zawiadomieniem bez górnej granicy ustawowej (art. 63 ustawy o KAS). Limity dni z Prawa przedsiębiorców i sprzeciw nie mają do niej zastosowania (art. 93 ustawy o KAS). Po sześciu miesiącach odsetki za zwłokę przestają biec (art. 54 § 1 pkt 7c OP).

Co zrobić, gdy kontrola trwa za długo?

W kontroli podatkowej u przedsiębiorcy wnieść sprzeciw w trzy dni robocze od przekroczenia limitu, a po utrzymaniu w mocy postanowienia o kontynuowaniu czynności skargę do sądu z art. 59 ust. 14 Prawa przedsiębiorców. W każdej kontroli wnieść ponaglenie do dyrektora izby administracji skarbowej, a następnie skargę na przewlekłe prowadzenie kontroli do WSA, przed zakończeniem kontroli.

Czy dowody zebrane po terminie kontroli są ważne?

Dokumenty z czynności dokonanych po upływie terminu z upoważnienia bez zawiadomienia o nowym terminie nie stanowią dowodu (art. 284b § 3 OP). W kontroli celno-skarbowej dokumenty zgromadzone po terminie nie są dowodem, chyba że organ wystąpił o nie przed jego upływem albo wskazał nowy termin (art. 63 ust. 4 ustawy o KAS). Dowody zebrane z naruszeniem Prawa przedsiębiorców nie mogą być użyte, jeżeli miały istotny wpływ na wynik kontroli (art. 46 ust. 3).

Czy za czas przewlekłej kontroli nalicza się odsetki?

Jeżeli kontrola nie zakończy się w sześć miesięcy od wszczęcia, odsetek nie nalicza się za okres od następnego dnia po upływie tego terminu do zakończenia kontroli (art. 54 § 1 pkt 7c OP), z wyłączeniem okresów z art. 54 § 2a. Reguła obowiązuje od 4 listopada 2025 r. i obejmuje kontrole wszczęte najwcześniej sześć miesięcy przed tą datą; starsze kontrole wymagają odrębnej analizy.

Jak liczyć dni kontroli u przedsiębiorcy?

Według wyroku NSA z 15 października 2025 r. (III OSK 1677/22) do limitu wlicza się kolejne dni robocze od wszczęcia do zakończenia kontroli, niezależnie od tego, gdzie organ wykonuje czynności. Wyłączenia i przedłużenia przewidziane w art. 55 Prawa przedsiębiorców pozostają w mocy.

Powiązane hasła leksykonu

1. Bezczynność organu
2. Kontrola podatkowa
3. Kontrola celno-skarbowa
4. Dowody w sprawie podatkowej
5. Przedawnienie zobowiązań podatkowych
6. Przedłużanie terminu zwrotu VAT
7. Postępowanie podatkowe

Kancelaria Prawna Skarbiec reprezentuje przedsiębiorców w przewlekłych kontrolach, od sprzeciwu i ponaglenia po skargę na przewlekłość i roszczenia odszkodowawcze; zasady współpracy opisuje strona kontrola podatkowa i celno-skarbowa: reprezentacja na każdym etapie.

Stan prawny na 2 listopada 2026 r.

Publikacje Kancelarii Skarbiec na temat przewlekłego prowadzenia kontroli podatkowych

Opieszałość organów skarbowych

Czas to pieniądz – długie kontrole podatkowe są więc kosztowne

mec. Robert Nogacki: Kontrolowanemu przedsiębiorcy zależy na możliwie najszybszym zakończeniu kontroli. Czas trwania kontroli określają precyzyjnie przepisy. Wskazujemy, ile czasu może trwać kontrola podatkowa oraz jakie zastosować środki prawne w przypadku przedłużania kontroli przez urząd skarbowy (…)

Wstrzymywanie 5 mln zł zwrotu VAT na 3 lata i tylko 175 dni czynnej kontroli, a na koniec brak zwrotu odsetek, bo w kasie urzędu skarbowego nie ma pieniędzy

2021-09-10: Jedna ze spółek jawnych, prowadząca sprzedaż detaliczną wyrobów farmaceutycznych w wyspecjalizowanych sklepach, 28 lutego 2018 r. została objęta kontrolą podatkową. Wykazana przez urzędników liczba dni kontroli wyniosła 175. Nie byłoby w tym nic szokującego, gdyby nie fakt, że reprezentującemu spółkę Robertowi Nogackiemu z Kancelarii Prawnej Skarbiec protokół tej kontroli doręczono dopiero 29 czerwca 2021 r., a więc dokładnie po 1217 dniach od wszczęcia kontroli, czyli po 3 latach, 3 miesiącach i 29 dniach. Co więcej, w październiku 2018 r. firma złożyła w skarbówce deklarację podatkową wraz z wnioskiem o zwrot ponad 5 mln zł nadpłaconego VAT, na który z powodu trwającej tyle czasu kontroli musiała czekać blisko 3 lata. Przedsiębiorca otrzymał w końcu zwrot, ale bez należnego mu 1 mln zł odsetek, bo – jak go poinformowano – urząd nie ma tyle pieniędzy w kasie.

Organ przekroczył czas trwania kontroli – konsekwencje w świetle orzecznictwa sądów administracyjnych

Zarówno ustawa Prawo przedsiębiorców, jak i ustawy podatkowe określają czas trwania kontroli w firmie, którego organy nie mogą przekroczyć. Przepisy nie uściślają jednak konsekwencji jego przekroczenia, przez co fiskus chętnie korzysta z materiałów zgromadzonych również po upływie ustawowego limitu. W ostatnim czasie sądy administracyjne aprobują takie postępowanie, ale nie oznacza to, że podatnik nie może skutecznie bronić swoich interesów.

Robert Nogacki

Robert Nogacki jest radcą prawnym, założycielem i partnerem zarządzającym Kancelarii Prawnej Skarbiec, działającej nieprzerwanie od 2006 roku.

Prawo jest równe dla wszystkich, ale strony rzadko są równe: po jednej stoi organizacja, która ma czas, pieniądze i prawników, po drugiej człowiek, który ma jedną firmę, jedne oszczędności i jedno życie.

Klienci rzadko przychodzą do niego z problemem prawnym. Przychodzą z problemem, który ma także stronę prawną: z kontrolą, która zaczęła się od jednej faktury, z pieniędzmi powierzonymi komuś, kto zniknął, z firmą, którą trzeba przekazać dalej, zanim będzie za późno. Większość takich spraw rozstrzyga się na długo przed pierwszym pismem, w decyzjach podjętych bez pytania i w terminach, o których nikt nie pamiętał. Dlatego zaczyna od pytania, jak klient trafił w to miejsce, a nie od tego, co powinien był zrobić.

Doradza przedsiębiorcom i rodzinom z kilkunastu krajów, także tym, którym fiskus właśnie zajął konto i którzy nie wiedzą, co robić jutro rano. Broni ich w kontrolach podatkowych i celno-skarbowych, w sporach z organami podatkowymi i w sprawach karnych skarbowych. Reprezentuje poszkodowanych w oszustwach inwestycyjnych i piramidach finansowych. Pomaga rodzinom zakładać fundacje rodzinne i planować sukcesję, żeby dorobek życia przetrwał dłużej niż jedno pokolenie.

Nie każdą sprawę da się wygrać. Każdą da się prowadzić tak, żeby klient wiedział, na czym stoi. Od 2006 roku reprezentuje pokrzywdzonych w sprawie WGI (Warszawskiej Grupy Inwestycyjnej), jednej z najdłuższych spraw karnych w historii polskiego rynku finansowego, bo są rzeczy, których nie wolno zostawić w połowie, nawet jeśli trwają dwie dekady. W sprawie upadłej giełdy kryptowalut Zonda (Zondacrypto, operator BB Trade Estonia OÜ) reprezentuje kilkuset poszkodowanych w postępowaniu prowadzonym przez Prokuraturę Krajową i w estońskim postępowaniu upadłościowym.

Kancelaria Prawna Skarbiec jest notowana w rankingach największych firm doradztwa podatkowego Dziennika Gazety Prawnej i Rzeczpospolitej, a w latach 2015 do 2018 czterokrotnie otrzymała Medal Europejski Business Centre Club i Europejskiego Komitetu Ekonomiczno-Społecznego. Robert Nogacki publikuje regularnie, w prasie i na stronie kancelarii, dla ludzi, którzy mają problem, a nie dyplom prawnika, bo opinia prawna, której klient nie rozumie, chroni tylko prawnika.

Wierzy, że najlepsza porada prawna to ta, dzięki której klient nigdy nie musi stanąć przed sądem.