Rozstrzyganie wątpliwości na korzyść podatnika

Zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika – co naprawdę oznacza i dlaczego nie chroni tak, jak myślisz?

Wielu przedsiębiorców traktuje zasadę in dubio pro tributario jako swoisty as w rękawie – kartę, którą można zagrać zawsze, gdy spór z fiskusem wydaje się przegrany. Najnowsze orzecznictwo sądów administracyjnych z 2025 roku pokazuje jednak, że ta zasada ma znacznie węższy zakres stosowania, niż powszechnie się sądzi. Pięć wyroków wydanych w ciągu zaledwie kilku miesięcy – trzy Naczelnego Sądu Administracyjnego i dwa wojewódzkich sądów administracyjnych – rysuje obraz jednoznaczny. A zestawienie art. 2a Ordynacji podatkowej z zasadą prawdy obiektywnej z art. 122 tej ustawy – zwłaszcza po głośnej nowelizacji z listopada 2025 roku – odsłania problem, o którym wielu podatników nie wie, a który w praktyce decyduje o wyniku postępowania.

Czym jest zasada rozstrzygania na korzyść podatnika?

Zasada rozstrzygania na korzyść podatnika została zapisana w art. 2a Ordynacji podatkowej. Przepis ten stanowi, że niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika. Wprowadzono ją do polskiego porządku prawnego z dniem 1 stycznia 2016 roku, a jej celem było ograniczenie sytuacji, w których nieprecyzyjne regulacje podatkowe obciążają tych, którzy starają się je stosować.

Ratio legis tego przepisu jest proste: skoro to ustawodawca tworzy przepisy podatkowe, to on ponosi odpowiedzialność za ich niejasność. Podatnik nie powinien ponosić konsekwencji błędów legislacyjnych ani wieloznaczności norm prawnych. Tyle teoria. W praktyce granice tej zasady okazują się znacznie bardziej wyraziste, niż sugeruje jej pozornie szeroka formuła – a jej relacja z innymi zasadami postępowania podatkowego tworzy obraz znacznie bardziej złożony.

Trzy wyroki NSA z 2025 roku, które wyznaczają granice zasady

Wyrok z 5 marca 2025 r. (II FSK 101/25) – powiernictwo bez dowodów

Sprawa dotyczyła radcy prawnego, który zbył udziały w spółce za ponad 263 tys. zł (nabyte wcześniej za 1600 zł) i nie złożył deklaracji PIT-8C. Twierdził, że działał jako powiernik na rzecz zagranicznego zleceniodawcy – a skoro tak, przysporzenie powstało nie po jego stronie, lecz po stronie powierzającego. Konstrukcja usług powierniczych wymaga jednak solidnego udokumentowania.

Problem polegał na tym, że żaden dowód nie potwierdzał istnienia umowy powierniczej. Nie przedłożono żadnego dokumentu. Przesłuchani świadkowie zaprzeczyli zawarciu takiej umowy. Środki ze sprzedaży trafiły na konto podatnika i nie wykazano ich przepływu do rzekomego zleceniodawcy. W KRS to podatnik widniał jako właściciel udziałów.

NSA stwierdził wprost: art. 2a Ordynacji podatkowej nakazuje rozstrzygać na korzyść podatnika wątpliwości co do treści przepisów, a nie wątpliwości dotyczące stanu faktycznego. Podatnik próbował wykorzystać zasadę rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika do tego, by organ przyjął jego wersję wydarzeń mimo braku jakichkolwiek dowodów – a to wykracza poza zakres tej instytucji.

Wyrok z 6 marca 2025 r. (I FSK 1986/21) – puste faktury i należyta staranność

Kolejna sprawa dotyczyła przedsiębiorcy handlującego hurtowo towarami, który odliczał VAT z faktur wystawionych przez trzy spółki. Organy podatkowe ustaliły, że spółki te nie prowadziły rzeczywistej działalności gospodarczej i nie były faktycznymi dostawcami towaru. Faktury nie dokumentowały zatem rzeczywistych zdarzeń gospodarczych – stanowiły klasyczny przypadek pustych faktur.

Podatnik bronił się m.in. tym, że model biznesowy jego działalności był identyczny w latach 2012–2015, a za wcześniejsze okresy sądy orzekały na jego korzyść. NSA odnotował jednak istotną zmianę: wyroki korzystne dla podatnika za lata 2012–2013 zostały następnie uchylone, a po ponownym rozpoznaniu sprawy – skargi oddalono. Prawomocne rozstrzygnięcia za wszystkie badane okresy okazały się jednolite – i niekorzystne dla skarżącego.

Zarzut naruszenia art. 2a Ordynacji podatkowej NSA uznał za „całkowicie chybiony”, podkreślając raz jeszcze: zasada ta dotyczy wątpliwości w zakresie treści przepisów prawa podatkowego, nie zaś wątpliwości co do okoliczności faktycznych.

Co szczególnie istotne z perspektywy przedsiębiorców, sąd wskazał, że przy handlu hurtowym elementarne standardy należytej staranności w doborze kontrahentów są niezbędne. Samo posiadanie faktur i umów, bez weryfikacji, czy kontrahent rzeczywiście prowadzi działalność i jest uprawniony do wystawiania faktur, nie stanowi zachowania starannego przedsiębiorcy. To wyraźny sygnał, że procedury due diligence powinny być standardem, a nie wyjątkiem.

Wyrok z 4 kwietnia 2025 r. (III FSK 581/23) – ewidencja gruntów a plan zagospodarowania

Trzeci wyrok dotyczył podatku od nieruchomości. Skarżący argumentowali, że skoro miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego przeznacza ich grunty na cele rolne, to nie powinni płacić najwyższej stawki podatku od nieruchomości – nawet jeśli ewidencja gruntów klasyfikuje te tereny inaczej. Powoływali się na zasadę  zasadę rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika, wskazując na sprzeczność między dwoma aktami prawnymi.

NSA wyjaśnił: zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika nie może być rozumiana w ten sposób, że w przypadku jakichkolwiek wątpliwości organy podatkowe są zobowiązane przyjąć punkt widzenia podatnika. Ma ona zastosowanie wyłącznie do niedających się usunąć wątpliwości co do treści przepisów. Rozbieżność między ewidencją gruntów a planem zagospodarowania to kwestia stanu faktycznego i wzajemnych relacji między źródłami danych – nie zaś kwestia niejasności przepisu podatkowego.

Wyroki WSA z 2025 roku – precyzyjny test naruszenia zasady

Orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego znajduje pełne potwierdzenie na poziomie wojewódzkich sądów administracyjnych. Dwa wyroki WSA z 2025 roku nie tylko potwierdzają opisaną wyżej linię orzeczniczą, ale wprowadzają precyzyjny test pozwalający ocenić, kiedy dochodzi do naruszenia zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika.

Wyrok WSA w Gdańsku z 8 kwietnia 2025 r. (I SA/Gd 91/25) – umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania a ulga abolicyjna

Sprawa dotyczyła polskiego marynarza pracującego w 2019 roku na statku sejsmicznym (badawczym) pływającym pod banderą Wysp Bahama. Skarżący pierwotnie twierdził, że jego dochody podlegają Konwencji polsko-norweskiej o unikaniu podwójnego opodatkowania, a następnie zmienił stanowisko i wskazał na Umowę z Singapurem – w obu przypadkach dążąc do zastosowania tzw. ulgi abolicyjnej z art. 27g ustawy o PIT.

Organy podatkowe ustaliły, że podatnik nie podlegał obowiązkowi podatkowemu ani w Norwegii, ani w Singapurze. Kluczowe okazały się informacje uzyskane w ramach międzynarodowej wymiany informacji podatkowych. Administracja podatkowa Norwegii potwierdziła, że skarżący nie figuruje w jej bazach, statek nie był zarejestrowany w rejestrach NIS/NOR i nie znajdował się na wodach norweskich. Z kolei administracja Singapuru przekazała, że podatnik nie jest jej znany, przebywał w Singapurze jedynie 4 dni i był zwolniony z podatku na mocy art. 13(6) singapurskiej ustawy o podatku dochodowym. Co istotne, statek nie był eksploatowany w transporcie międzynarodowym – prowadził badania sejsmiczne dna morskiego, co wykluczało zastosowanie zarówno art. 14 ust. 3 Konwencji z Norwegią, jak i art. 15 ust. 3 Umowy z Singapurem.

Skarżący powoływał się na art. 21 ust. 3 Umowy z Singapurem jako klauzulę generalną obejmującą „inne dochody”, argumentując, że niezależnie od kwalifikacji statku, jego dochody powstały w Singapurze. WSA odrzucił tę argumentację, wskazując, że kwestia opodatkowania wynagrodzenia z pracy na statku morskim jest wyraźnie uregulowana w art. 15 ust. 3 Umowy, a zatem nie mieści się w zakresie klauzuli rezydualnej z art. 21 ust. 3.

W odniesieniu do zarzutu naruszenia art. 2a Ordynacji podatkowej WSA w Gdańsku sformułował tezę o szczególnym znaczeniu praktycznym:

Naruszenie zasady zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika jest aktualne wówczas, gdy wyniki wykładni doprowadziły do wyłonienia kilku hipotez interpretacyjnych, z których żadna nie byłaby przekonująca, a mimo to doszłoby do wyboru opcji niekorzystnej dla podatnika.

Sąd podkreślił, że wątpliwości wymagane przez art. 2a muszą mieć charakter obiektywny. Nie można do nich zaliczyć sytuacji, gdy organ dokonuje wykładni przepisu, ustalając sposób jego rozumienia, ale wynik tego procesu nie jest dla skarżącego korzystny. Sam fakt, że podatnik nie zgadza się z interpretacją organu, nie oznacza istnienia „niedających się usunąć wątpliwości”.

Wyrok ten jest szczególnie instruktywny dla podatników pracujących za granicą na statkach specjalistycznych (sejsmicznych, badawczych, wiertniczych), ponieważ jednoznacznie potwierdza, że statki nieprowadzące transportu międzynarodowego nie spełniają przesłanek zastosowania klauzul marynarskich w umowach o unikaniu podwójnego opodatkowania – niezależnie od tego, że przemieszczają się między portami różnych państw. Kwestia prawidłowej kwalifikacji dochodów zagranicznych i zastosowania odpowiedniej metody unikania podwójnego opodatkowania wymaga każdorazowo rzetelnej analizy podatkowej.

Wyrok WSA w Gliwicach z 17 września 2025 r. (I SA/Gl 656/25) – import komponentu a prawo do odliczenia VAT

Sprawa dotyczyła duńskiej spółki (zarejestrowanej jako czynny podatnik VAT w Polsce), która zawarła umowę z polską spółką J PL na dostawę z montażem specjalistycznej maszyny dla przemysłu spożywczego. Jeden z kluczowych komponentów maszyny – suszarka filtracyjna – został zakupiony w Turcji i dostarczony do Polski na warunkach DAP. Import komponentu do Polski rozliczyła J PL (jako podmiot zobowiązany do zapłaty długu celnego w myśl przepisów prawa celnego), lecz prawo do rozporządzania komponentem jak właściciel nie przeszło na J PL w momencie importu – pozostało przy duńskim dostawcy aż do zakończenia montażu całej maszyny.

J PL odliczyła VAT zarówno z dokumentu celnego (import komponentu), jak i z faktur zaliczkowych wystawionych przez duńską spółkę za dostawę z montażem maszyny. Organ interpretacyjny uznał, że J PL nie ma prawa do odliczenia VAT z tytułu importu komponentu, ponieważ w momencie importu komponent nie był wykorzystywany do czynności opodatkowanych J PL – służył działalności opodatkowanej duńskiej spółki realizującej dostawę z montażem.

Skarżąca powołała się m.in. na art. 2a Ordynacji podatkowej, zarzucając organowi niekonsekwencję: w odpowiedzi na jedno pytanie organ potwierdził związek komponentu (jako części maszyny) z czynnościami opodatkowanymi J PL, a w odpowiedzi na inne pytanie – taki związek zanegował. Zarzuciła również naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych oraz wydanie stanowiska sprzecznego z utrwaloną praktyką indywidualnych interpretacji podatkowych.

WSA w Gliwicach oddalił skargę, formułując tezę zbieżną z wyrokiem gdańskim:

Naruszenie zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika miałoby miejsce w sytuacji, gdyby żadna z hipotez interpretacyjnych nie była przekonująca, a mimo to organ wybrałby opcję niekorzystną dla podatnika. Innymi słowy, naruszenie wspomnianej zasady to nierespektowanie wyboru hipotezy interpretacyjnej (spośród kilku możliwych) najbardziej korzystnej dla podatnika.

Sąd dodał przy tym istotną uwagę natury proceduralnej: z treści art. 14h Ordynacji podatkowej nie wynika, aby art. 2a należało stosować odpowiednio w sprawach dotyczących interpretacji indywidualnych. Kwestia ta, choć nie przesądziła o rozstrzygnięciu, sygnalizuje dodatkowe ograniczenie powoływania się na zasadę zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika w postępowaniu interpretacyjnym.

Wyrok jest istotny również dla praktyki transakcji międzynarodowych z elementem dostawy z montażem: potwierdza, że sam status podatnika VAT z tytułu importu towarów nie kreuje automatycznie prawa do odliczenia VAT naliczonego – konieczne jest wykazanie, że importowany towar jest wykorzystywany do czynności opodatkowanych tego konkretnego podatnika, a nie jego kontrahenta.

Art. 2a a art. 122 Ordynacji podatkowej – nowelizacja, która miała wypełnić lukę

Omówione wyroki jednolicie potwierdzają, że art. 2a Ordynacji podatkowej dotyczy wyłącznie wątpliwości co do treści przepisów – nie obejmuje wątpliwości co do stanu faktycznego. Podatnik, który przegrywa na płaszczyźnie dowodowej, nie może szukać ratunku w zasadzie rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika. Przez lata powstawało zatem pytanie: jaka norma chroni podatnika w sytuacji, gdy wątpliwości dotyczą ustaleń faktycznych?

Zasada prawdy obiektywnej – stan dotychczasowy

Do 3 listopada 2025 roku odpowiedzią był art. 122 Ordynacji podatkowej w jego pierwotnym brzmieniu – zasada prawdy obiektywnej. Przepis stanowił, że w toku postępowania podatkowego organy podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy. Była to naczelna reguła procesowa: ustalenie faktów stanowiło obowiązek organu podatkowego, nie strony. Organ musiał z własnej inicjatywy zebrać cały materiał dowodowy, w tym – a może przede wszystkim – dowody korzystne dla podatnika.

To fundamentalne rozróżnienie. Postępowanie podatkowe ma charakter inkwizycyjny, nie kontradyktoryjny. Organ nie jest stroną sporu – jest podmiotem zobowiązanym do ustalenia prawdy materialnej. Art. 122, skonkretyzowany w art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej (obowiązek wyczerpującego zebrania i rozpatrzenia materiału dowodowego), tworzy zasadę ciężaru dowodowego w prawie podatkowym. Jak podkreśla się w doktrynie, koncepcja ciężaru dowodu zaczerpnięta z procesu cywilnego (art. 6 Kodeksu cywilnego) nie ma zastosowania w postępowaniu podatkowym, ponieważ to organ – stosując normę materialnego prawa podatkowego – wywodzi z ustalonych faktów skutki prawne, w tym możliwość określenia innej kwoty zobowiązania niż wynikająca z deklaracji podatkowej.

Nowelizacja z 4 listopada 2025 r. – zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika w odniesieniu di faktów?

Ustawodawca dostrzegł lukę, na którą od lat wskazywała doktryna, i podjął próbę jej wypełnienia. Ustawą z 12 września 2025 r. (Dz.U. z 2025 r. poz. 1417), która weszła w życie 4 listopada 2025 r., dotychczasowa treść art. 122 została oznaczona jako § 1, a przepis uzupełniono o nowy § 2:

„W postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony, z wyjątkiem przypadków gdy: 1) w postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób; 2) przepisy prawa wymagają od strony wykazania określonych faktów; 3) sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa.”

Na pierwszy rzut oka nowelizacja wygląda jak przełom. Oto ustawodawca stworzył odpowiednik zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika dla sfery faktycznej – nakazał organom podatkowym rozstrzygać na korzyść strony niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego. W zestawieniu z orzecznictwem z 2025 roku, które konsekwentnie odmawiało stosowania art. 2a do kwestii dowodowych, nowy § 2 wydaje się naturalnym dopełnieniem systemu ochrony podatnika.

Trzy wyjątki, które mogą pochłonąć regułę

Rzeczywiste znaczenie praktyczne nowego art. 122 § 2 jest jednak dalece niepewne – a to za sprawą trzech wyjątków, które swoją szerokością mogą w praktyce pochłonąć regułę.

Wyjątek pierwszy: strony o spornych interesach lub wpływ na interesy innych osób. Znaczna część postępowań podatkowych w sprawach dotyczących VAT – zwłaszcza tych obejmujących łańcuchy transakcyjne i zarzuty pustych faktur – ma bezpośredni wpływ na sytuację podatkową kontrahentów podatnika. Czy organ powoła się na ten wyjątek za każdym razem, gdy ustalenia faktyczne w jednej sprawie rzutują na rozliczenia innego podmiotu? Zakres tego wyłączenia jest na tyle szeroki, że może objąć niemal każde postępowanie, w którym uczestniczy więcej niż jeden podmiot gospodarczy.

Wyjątek drugi: przepisy prawa wymagające od strony wykazania określonych faktów. To klauzula, która może otworzyć drogę do ponownego przerzucania ciężaru dowodowego na podatnika – tym razem z wyraźną podstawą ustawową. Jeżeli dany przepis materialnego prawa podatkowego uzależnia zastosowanie ulgi, zwolnienia czy odliczenia od spełnienia określonych warunków faktycznych, organ może argumentować, że to podatnik powinien wykazać ich spełnienie. W praktyce obejmuje to m.in. warunki stosowania zwolnień podatkowych, przesłanki zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów czy wymogi dokumentacyjne dla transakcji z podmiotami powiązanymi.

Wyjątek trzeci: ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa. Jest to klauzula generalna o najszerszym możliwym zakresie. „Ważny interes publiczny” to pojęcie niedookreślone, którego treść będzie kształtować praktyka organów podatkowych i orzecznictwo sądów administracyjnych. W sprawach o dużej wartości przedmiotu sporu lub w sprawach dotyczących podejrzeń oszustw podatkowych organ z łatwością może powołać się na interes publiczny w ściganiu nadużyć fiskalnych – a tym samym wyłączyć zastosowanie nowej reguły dokładnie w tych przypadkach, w których podatnik najbardziej potrzebuje ochrony.

Dodatkowe ograniczenie: tylko postępowania wszczęte z urzędu

Nowy § 2 ma zastosowanie wyłącznie do postępowań podatkowych wszczętych z urzędu. Oznacza to, że nie obejmuje postępowań wszczynanych na wniosek strony – w tym np. postępowań o stwierdzenie nadpłaty czy o wznowienie postępowania. To istotne zawężenie, ponieważ wielu podatników inicjuje postępowania samodzielnie, broniąc swoich praw przed organami. W takich przypadkach nowy przepis nie znajdzie zastosowania.

Brak praktyki orzeczniczej

Przepis obowiązuje od zaledwie kilku miesięcy i – w momencie publikacji tego artykułu – brak jest jakichkolwiek rozstrzygnięć sądów administracyjnych stosujących nowy art. 122 § 2. Nie wiadomo zatem, jak sądy zinterpretują poszczególne wyjątki, czy potraktują je wąsko (jako rzeczywiste wyjątki od reguły) czy szeroko (jako normę ograniczającą, która de facto pozbawi regułę znaczenia praktycznego). Nie wiadomo również, jak organy podatkowe będą powoływać się na przesłankę „ważnego interesu publicznego” i czy orzecznictwo narzuci im w tym zakresie rygorystyczne standardy uzasadnienia.

Dla przedsiębiorców oznacza to tyle: nowy art. 122 § 2 jest zmianą legislacyjną idącą w dobrym kierunku, ale na dzień dzisiejszy byłoby przedwczesne traktowanie go jako realnego narzędzia obrony w postępowaniu podatkowym. Do czasu ukształtowania się praktyki orzeczniczej fundamentem ochrony podatnika w sferze faktycznej pozostaje art. 122 § 1 w zw. z art. 187 § 1 – czyli obowiązek organu do wszechstronnego wyjaśnienia stanu faktycznego z urzędu, egzekwowany przez aktywne składanie wniosków dowodowych i budowanie zarzutów procesowych na etapie odwołania i skargi.

Praktyczne konsekwencje rozróżnienia – przed i po nowelizacji

Zestawienie art. 2a, art. 122 § 1 i nowego art. 122 § 2 ujawnia architekturę ochrony podatnika, która po nowelizacji wygląda spójniej na papierze, ale w praktyce nadal generuje istotne napięcia.

Gdy spór dotyczy interpretacji przepisu – podatnika chroni art. 2a. Jeżeli przepis jest wieloznaczny i żadna metoda wykładni nie pozwala rozstrzygnąć wątpliwości, organ powinien wybrać interpretację korzystniejszą dla podatnika. Jak pokazują wyroki z 2025 roku, warunek ten jest jednak rygorystyczny: wątpliwości muszą mieć charakter obiektywny i prowadzić do wyłonienia kilku równorzędnych hipotez interpretacyjnych.

Gdy spór dotyczy ustaleń faktycznych – podatnika powinna chronić zasada prawdy obiektywnej z art. 122 § 1 w zw. z art. 187 § 1. Organ jest zobowiązany do wszechstronnego wyjaśnienia stanu faktycznego z urzędu, bez przerzucania ciężaru dowodowego na stronę. Odmowa przeprowadzenia dowodu może dotyczyć wyłącznie okoliczności już stwierdzonych innym dowodem (art. 188 Ordynacji podatkowej) – nie okoliczności, których zbadanie mogłoby prowadzić do odmiennej oceny sprawy. Po nowelizacji – w postępowaniach wszczętych z urzędu – dochodzi dodatkowa warstwa ochrony w postaci art. 122 § 2, ale jej praktyczna skuteczność pozostaje na razie niewiadomą.

Gdzie teoria rozmija się z praktyką

Problem, który istniał przed nowelizacją, nie znikł – a nowy przepis mógł go jedynie częściowo złagodzić. Omówione wyroki z 2025 roku – odmawiając zastosowania art. 2a w sferze faktycznej – nie badają jednocześnie z należytą wnikliwością, czy organy podatkowe prawidłowo wypełniły obowiązki wynikające z art. 122 § 1. W efekcie podatnik słyszy, że art. 2a go nie chroni, bo jego problem leży w sferze dowodowej, ale równocześnie ciężar faktycznego zgromadzenia dowodów spoczywa w praktyce na nim samym.

Dobrze ilustruje to sprawa powiernictwa (II FSK 101/25). NSA słusznie wskazał, że zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika nie służy do rozstrzygania wątpliwości faktycznych. Ale wyrok ten potwierdza też pewną tendencję orzeczniczą, w której sądy de facto akceptują sytuację, w której to podatnik musi udowodnić korzystne dla siebie okoliczności – mimo że art. 122 § 1 nakłada ten obowiązek na organ. W doktrynie prawa podatkowego od lat krytykuje się tę tendencję jako przejaw nieuprawnionego przenoszenia na grunt prawa publicznego cywilistycznej koncepcji ciężaru dowodu (art. 6 Kodeksu cywilnego), która jest właściwa dla postępowań kontradyktoryjnych między równorzędnymi podmiotami, a nie dla postępowania inkwizycyjnego, w którym to organ stosuje normę materialną i z ustalonych faktów wywodzi skutki prawne.

Nowy art. 122 § 2 miał być odpowiedzią na ten problem. Czy nią będzie w praktyce – zależy od tego, jak wąsko lub szeroko orzecznictwo zinterpretuje trzy szerokie wyjątki. Jeżeli sądy administracyjne potraktują je dosłownie i restrykcyjnie, nowy przepis może okazać się istotnym wzmocnieniem pozycji podatnika w postępowaniach wszczynanych z urzędu. Jeżeli jednak wyjątki zostaną zinterpretowane szeroko – a praktyka organów podatkowych do tej pory sugeruje, że właśnie tak się stanie – art. 122 § 2 pozostanie przepisem o czysto deklaratoryjnym charakterze, który niewiele zmieni w realiach postępowań podatkowych.

Praktyka organów podatkowych pogłębia ten problem niezależnie od treści nowego przepisu. W toku kontroli podatkowych i postępowań organy nierzadko żądają od podatników udowodnienia okoliczności istotnych dla sprawy, przedłożenia zestawień i analiz porównawczych, wyjaśnień co do racjonalności gospodarczej transakcji – a więc czynności, które w świetle art. 122 § 1 powinny wykonać same z urzędu. Nieprzeprowadzenie zupełnego postępowania dowodowego stanowi naruszenie nie tylko zasady prawdy obiektywnej, ale również zasady budzenia zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej) oraz swobodnej oceny dowodów (art. 191 Ordynacji podatkowej).

Co to oznacza dla strategii procesowej

Świadomość zarówno granic art. 2a, jak i niepewności wokół nowego art. 122 § 2, ma bezpośrednie znaczenie taktyczne. Podatnik, którego spór z organem dotyczy sfery faktycznej, nie powinien powoływać się na art. 2a – orzecznictwo z 2025 roku jednoznacznie potwierdza, że jest to bezskuteczne. Powinien natomiast aktywnie egzekwować obowiązki organu wynikające z art. 122 § 1 i art. 187 § 1: wnioskować o przeprowadzenie konkretnych dowodów, wskazywać na luki w materiale dowodowym, a w razie odmowy – budować zarzuty naruszenia zasady prawdy obiektywnej i swobodnej oceny dowodów. W postępowaniach wszczętych z urzędu po 4 listopada 2025 r. warto dodatkowo powoływać się na nowy art. 122 § 2 – nawet jeśli jego praktyczna skuteczność jest jeszcze niepewna, sam fakt podniesienia tego zarzutu zmusza organ do zajęcia stanowiska i ułatwia późniejszą kontrolę sądową.

Nie oznacza to, że podatnik może pozostać bierny. Choć formalnie ciężar dowodowy spoczywa na organie, to w interesie podatnika leży aktywne wskazywanie na okoliczności i środki dowodowe istotne dla sprawy. Organ nie może bowiem przeprowadzić dowodów, o których nie ma informacji. W szczególności – jak podkreśla się w doktrynie – obowiązek dokumentacyjny dotyczy przede wszystkim transakcji o nietypowej strukturze: usług niematerialnych, umów powierniczych, transakcji łańcuchowych, rozliczeń z podmiotami zagranicznymi. Podatnik powinien gromadzić dowody w trakcie dokonywania czynności, z którymi wiąże się obowiązek podatkowy – korespondencję, opracowania, notatki ze spotkań, rozliczenia, potwierdzenia przelewów.

Kiedy zasada rozstrzygania na korzyść podatnika faktycznie działa?

Na podstawie analizowanych orzeczeń można precyzyjnie określić warunki, w których powołanie się na art. 2a Ordynacji podatkowej ma szanse powodzenia.

Po pierwsze, wątpliwość musi dotyczyć treści przepisu prawa podatkowego – jego wykładni językowej, systemowej lub celowościowej. Jeżeli dwa sposoby interpretacji przepisu są równie uzasadnione i żadna metoda wykładni nie pozwala rozstrzygnąć, który jest trafny, organ powinien wybrać interpretację korzystniejszą dla podatnika.

Po drugie, wątpliwości muszą być niedające się usunąć. Oznacza to, że organ zobowiązany jest najpierw podjąć próbę usunięcia niejasności za pomocą standardowych metod wykładni. Dopiero gdy te metody zawodzą, aktualizuje się nakaz rozstrzygnięcia na korzyść podatnika. To nie jest narzędzie „pierwszego wyboru” – to ultima ratio.

Po trzecie, jak precyzują wyroki WSA w Gdańsku i WSA w Gliwicach, wątpliwości muszą mieć charakter obiektywny i prowadzić do wyłonienia kilku hipotez interpretacyjnych, z których żadna nie jest przekonująca. Sytuacja, w której organ dokonuje wykładni przepisu i dochodzi do jednoznacznego wniosku niekorzystnego dla podatnika, nie stanowi naruszenia art. 2a – nawet jeśli podatnik proponuje alternatywną interpretację. Niezgoda z wynikiem wykładni to nie to samo co obiektywna wieloznaczność normy prawnej.

Po czwarte – i to punkt, który najczęściej jest źródłem nieporozumień – zasada nie obejmuje wątpliwości co do stanu faktycznego. Jeżeli spór dotyczy tego, czy dana transakcja miała miejsce, czy umowa została zawarta, czy towar został dostarczony, czy statek był eksploatowany w transporcie międzynarodowym – to są kwestie dowodowe podlegające art. 122 § 1 i art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej, a od 4 listopada 2025 r. potencjalnie również nowemu art. 122 § 2 (z zastrzeżeniem opisanych wyżej wyjątków i ograniczeń).

Najczęstsze błędy przedsiębiorców

Analiza omawianych wyroków pozwala wskazać powtarzające się błędy w strategii procesowej podatników.

Mylenie sfery faktów ze sferą prawa. Podatnicy często powołują się na art. 2a Ordynacji podatkowej, gdy w rzeczywistości ich problem leży w warstwie dowodowej. Twierdzenie „organ powinien przyjąć moją wersję zdarzeń, bo przepisy nakazują rozstrzygać wątpliwości na moją korzyść” jest fundamentalnym nieporozumieniem. Przepis mówi o wątpliwościach co do treści norm prawnych, a nie o wątpliwościach co do tego, co się wydarzyło. Właściwą podstawą obrony w takich przypadkach jest art. 122 § 1 w zw. z art. 187 § 1 – naruszenie zasady prawdy obiektywnej.

Brak dokumentacji potwierdzającej zawierane transakcje. Wyrok w sprawie II FSK 101/25 jest tu instruktywny: podatnik powoływał się na umowę powierniczą, ale nie był w stanie przedłożyć ani jednego dokumentu potwierdzającego jej zawarcie. Choć to organ powinien z urzędu ustalić stan faktyczny, w praktyce podatnik pozbawiony dokumentów traci możliwość skutecznego wskazania okoliczności i środków dowodowych na swoją korzyść. Dlatego tak istotne jest bieżące prowadzenie rzetelnej dokumentacji – w czym pomaga profesjonalne doradztwo podatkowe.

Zaniedbanie weryfikacji kontrahentów. Wyrok w sprawie I FSK 1986/21 to ważna lekcja dla wszystkich przedsiębiorców handlujących na większą skalę. NSA potwierdził, że prowadzenie działalności w modelu hurtowym wymaga co najmniej sprawdzenia, czy kontrahent jest zarejestrowany jako czynny podatnik VAT, czy osoby podpisujące umowy są umocowane do działania w imieniu spółki, oraz czy kontrahent posiada realne zaplecze logistyczne i operacyjne. Wdrożenie procedur audytu prawnego kontrahentów jest dziś standardem oczekiwanym przez sądy.

Utożsamianie niekorzystnej wykładni z istnieniem wątpliwości interpretacyjnych. To błąd uwidoczniony szczególnie wyraźnie w sprawach gdańskiej i gliwickiej. Podatnicy zakładali, że skoro ich interpretacja przepisu jest odmienna od interpretacji organu, to mamy do czynienia z „wątpliwościami co do treści przepisów”. Tymczasem, jak podkreśliły oba sądy, art. 2a dotyczy sytuacji, w której żadna z hipotez interpretacyjnych nie jest przekonująca – nie sytuacji, w której organ po prostu wybrał inną wykładnię niż ta proponowana przez podatnika.

Niewłaściwe konstruowanie argumentacji w sprawach międzynarodowych. Wyrok WSA w Gdańsku pokazuje, że w sprawach dotyczących umów o unikaniu podwójnego opodatkowania podatnicy niekiedy próbują „obejść” niespełnione przesłanki przepisu szczególnego (np. wymóg eksploatacji statku w transporcie międzynarodowym) przez odwołanie się do klauzuli generalnej o „innych dochodach”. Sądy konsekwentnie odrzucają taką argumentację – klauzula rezydualna nie może służyć obchodzeniu warunków wyraźnie uregulowanych w przepisach szczegółowych umowy.

Powoływanie art. 2a zamiast art. 122 jako podstawy zarzutów. Ten błąd jest pochodną nierozróżniania sfery prawnej i faktycznej, ale zasługuje na odrębne podkreślenie. Podatnik, który w odwołaniu lub skardze podnosi zarzut naruszenia art. 2a w kontekście ustaleń dowodowych, nie tylko traci tę podstawę (bo sąd ją odrzuci), ale może też nie sformułować zarzutu, który miałby szanse powodzenia – naruszenia art. 122 § 1 i art. 187 § 1.

Co to oznacza w praktyce?

Dla przedsiębiorcy płynie z tych wyroków – i z ich zestawienia z zasadą prawdy obiektywnej, w tym z niepewnością wokół nowelizacji – kilka konkretnych wniosków.

Zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika to ważna gwarancja systemowa, ale nie jest uniwersalnym narzędziem obrony w sporze podatkowym. Działa tam, gdzie przepis jest wieloznaczny – nie tam, gdzie brakuje dowodów na poparcie stanowiska podatnika. Tam, gdzie spór dotyczy faktów, podatnika chroni inna norma – art. 122 § 1 Ordynacji podatkowej – a od listopada 2025 roku potencjalnie również nowy art. 122 § 2, choć jego praktyczna skuteczność wobec szerokich wyjątków i braku orzecznictwa jest na dzień dzisiejszy niewiadomą. Skuteczność ochrony zależy od umiejętności aktywnego egzekwowania obowiązków organu.

Fundamentem bezpieczeństwa podatkowego pozostaje rzetelna dokumentacja. Każda transakcja, zwłaszcza o nietypowej strukturze (powiernictwo, transakcje łańcuchowe, rozliczenia z podmiotami zagranicznymi), powinna być udokumentowana w sposób pozwalający na odtworzenie jej przebiegu i celu gospodarczego. Regularne audyty podatkowe pozwalają zidentyfikować luki dokumentacyjne, zanim zrobi to organ podatkowy.

Procedury weryfikacji kontrahentów (tzw. due diligence) nie są przejawem nadmiernej ostrożności, lecz standardem, którego oczekują zarówno organy podatkowe, jak i sądy administracyjne. Ich brak może prowadzić do utraty prawa do odliczenia VAT – niezależnie od tego, że towar faktycznie trafił do nabywcy.

W transakcjach międzynarodowych z elementem importu towarów i dostawy z montażem kluczowe jest precyzyjne rozgraniczenie ról podatkowych poszczególnych uczestników transakcji. Sam status podatnika VAT z tytułu importu nie generuje automatycznie prawa do odliczenia – niezbędny jest związek importowanego towaru z czynnościami opodatkowanymi tego konkretnego podatnika, rozumiany ściśle, a nie jedynie w kategoriach ogólnego powiązania ekonomicznego.

Planując strategię procesową, warto precyzyjnie rozdzielić argumenty dotyczące wykładni przepisów od argumentów dotyczących ustaleń faktycznych – i dobrać odpowiednią podstawę prawną. Powołanie się na art. 2a Ordynacji podatkowej w kontekście sporu o fakty nie tylko nie przyniesie rezultatu, ale może osłabić wiarygodność całej argumentacji. Jeżeli natomiast organ nie dopełnił obowiązku wszechstronnego wyjaśnienia stanu faktycznego, właściwym zarzutem jest naruszenie art. 122 § 1 i art. 187 § 1 – a nie art. 2a. Jeżeli zaś powołujemy się na zasadę rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika w kontekście wykładni, musimy wykazać, że obiektywnie istnieją co najmniej dwie równorzędne hipotezy interpretacyjne, z których żadna nie jest przekonująca – a nie jedynie to, że nasza interpretacja jest odmienna od interpretacji organu. W przypadku niekorzystnej decyzji warto rozważyć złożenie skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego z odpowiednio skonstruowanymi zarzutami, w tym – jeśli to uzasadnione – z profesjonalnym zastępstwem procesowym.

Robert Nogacki

Założyciel i Partner Zarządzający Kancelarii Prawnej Skarbiec, uznanej przez Dziennik Gazetę Prawną za jedną z najlepszych firm doradztwa podatkowego w Polsce (2023, 2024). Radca prawny z 19-letnim doświadczeniem, obsługujący przedsiębiorców z list Forbes oraz innowacyjne start-upy. Jeden z najczęściej cytowanych ekspertów prawa gospodarczego i podatkowego w polskich mediach, regularnie publikujący w Rzeczpospolitej, Gazecie Wyborczej i Dzienniku Gazecie Prawnej. Autor publikacji „AI Decoding Satoshi Nakamoto. Artificial Intelligence on the Trail of Bitcoin’s Creator” oraz współautor nagrodzonej książki „Bezpieczeństwo współczesnej firmy”. Profil LinkedIn: 18.5 tys. obserwujących, 4 mln odsłon rocznie. Nagrody: 4-krotny laureat Medalu Europejskiego, Złota Statuetka Lidera Polskiego Biznesu, tytuł „International Tax Planning Law Firm of the Year in Poland”. Specjalizuje się w strategicznym doradztwie prawnym, planowaniu podatkowym i zarządzaniu kryzysowym dla biznesu.